DNA比对

【编程题】(满分27分)

    脱氧核糖核酸即常说的DNA，是一类带有遗传信息的生物大分子。它由4种主要的脱氧核苷酸(dAMP、dGMP、dCMT和dTMP)通过磷酸二酯键连接而成。这4种核苷酸可以分别记为：A、G、C、T。

    DNA携带的遗传信息可以用形如：AGGTCGACTCCA.... 的串来表示。DNA在转录复制的过程中可能会发生随机的偏差，这才最终造就了生物的多样性。

    为了简化问题，我们假设，DNA在复制的时候可能出现的偏差是（理论上，对每个碱基被复制时，都可能出现偏差）：

　　1. 漏掉某个脱氧核苷酸。例如把 AGGT 复制成为：AGT

    2. 错码，例如把 AGGT 复制成了：AGCT

    3. 重码，例如把 AGGT 复制成了：AAGGT


    如果某DNA串a，最少要经过 n 次出错，才能变为DNA串b，则称这两个DNA串的距离为 n。

    例如：AGGTCATATTCC 与 CGGTCATATTC 的距离为 2

    你的任务是：编写程序，找到两个DNA串的距离。


【输入、输出格式要求】

    用户先输入整数n(n<100)，表示接下来有2n行数据。

    接下来输入的2n行每2行表示一组要比对的DNA。（每行数据长度<10000）

    程序则输出n行，表示这n组DNA的距离。

    例如：用户输入：
3
AGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCT
AGCTAAGGCCTT
AGGCTAAGGCCTT
AGCTAAGGCCTT
AGCTTAAGGCTT

    则程序应输出：
1
1
2

#include <iostream>
#include <cstdio>
#include <cstdlib>
#include <cstring>
#include <cmath>
#include <algorithm>
#include <string>
#include <vector>
#include <set>
#include <stack>
#include <queue>
#include <map> 
#include <ctime>
#include <iomanip> 
using namespace std;
const int INF=0x7ffffff;
const double EXP=1e-8;
const int MS=10005;
typedef long long LL;
int dp[MS][MS]; 

int minv(int a,int b,int c)
{
    return a>b?(b>c?c:b):(a>c?c:a);    //  min(a,min(b,c))
}
/*
ACT
ACTT        dp[i][j]=dp[i][j-1]+1;


ACTT
ACT        dp[i][j]=dp[i-1][j]+1    丢失等效于增加


ACT
ACG      dp[i][j]=d[i-1][j-1]+1    

*/




void solve(string &s1,string &s2)
{
    int len1=s1.length();
    int len2=s2.length();
    for(int i=0;i<=len1;i++)
        dp[i][0]=i;
    for(int i=0;i<=len2;i++)
        dp[0][i]=i;
    for(int i=1;i<=len1;i++)
    {
        for(int j=1;j<=len2;j++)
        {
            if(s1[i-1]==s2[j-1])
                dp[i][j]=dp[i-1][j-1];
            else
            {                //  增加         减少          修改 
                dp[i][j]=minv(dp[i][j-1]+1,dp[i-1][j]+1,dp[i-1][j-1]+1);
            }
        }
    }
    cout<<dp[len1][len2]<<endl;
    return ; 
}

int main()
{
    int n;
    string str1,str2;
    cin>>n;
    while(n--)
    {
        cin>>str1>>str2;
        solve(str1,str2);
    }
    return 0;
}