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  • 2020-4-30学习记录

    1.schannel: failed to receive handshake, SSL/TLS connection failed

     在安装R包时遇到了上面的问题,但是后来一下这个问题又变成了:

    Failed to connect to api.github.com port 443: Connection refused

    Error: Failed to install 'unknown package' from GitHub: invalid multibyte string, element 1 

    https://cran.r-project.org/web/packages/githubinstall/vignettes/githubinstall.html 这个介绍了不少从github安装R包的方法,还是出现问题。

    出现下面的问题:

    https://www.gitmemory.com/issue/JoshOBrien/exiftoolr/1/511029071 这里遇到了差不多的问题,但是解答说install_exiftool()可以从zip安装R包?但是我并没有搜到这个函数啊。。。

    https://github.com/ropensci/rtweet/issues/229 这里遇到的问题不是curl_download,试了:

    > httr::GET("http://cran.r-project.org/Rlogo.jpg")
    Response [http://cran.r-project.org/Rlogo.jpg]
      Date: 2020-04-30 01:41
      Status: 200
      Content-Type: image/jpeg
      Size: 16 kB
    <BINARY BODY>

    下面是ok的,试一下这个网址:

    > httr::GET("https://github.com/SUwonglab/scABC")
    Response [https://github.com/SUwonglab/scABC]
      Date: 2020-04-30 01:42
      Status: 200
      Content-Type: text/html; charset=utf-8
      Size: 87 kB
    
    
    
    
    
    
    <!DOCTYPE html>
    <html lang="en">
      <head>
        <meta charset="utf-8">
    ...

    也是ok的。

    https://stackoverflow.com/questions/48262384/increase-r-studios-connection-timeout-limit 这里提到增加timeout,但是我到处也没搜到怎么在win上增加时间,有的都是在linux上。

    https://github.com/icbi-lab/immunedeconv/issues/21 从这个问题里Sys.setlocale(category = "LC_ALL", locale = "us"),这个运行了之后就不会报无效字符串的错了,可以下载,但是卡住了。

    这里它还有一个.tar.gz文件,这个是编译过之后的R文件吗?

     但是我在网站上看了这个包,明明是有描述文件的啊!

    https://github.com/r-lib/devtools/issues/1939,根据这里的办法,Sys.setenv("TAR" = "internal"),解决了上面的问题,又出现了下面:

     终于出现了这个curl_fetch_memory问题啊,但是这个git链接可以连上,而且api这个网址我在浏览器中是可以访问的。

     居然神奇地可以了???也不知道是为什么,不超时了。。

     但是由于缺少了这两个依赖包,

    所以现在安一下,因为描述文件里有imports这两个包。

    安装成功了,可以library进来。。终于。。。如果遇到R版本的问题:

    可以直接下载压缩文件,然后:

    > install.packages("/home/name/pcaReduce_1.0.tar.gz", 
    +                  repos = NULL, 
    +                  type = "source")

    这样的安装就ok的。

    3.bed文件

    https://blog.csdn.net/herokoking/article/details/79276513

    首先是三个要求的BED字段
    1,chrom, 染色体或scafflold 的名字(eg chr3, chrY, chr2_random, scaffold0671 )
    2,chromStart 染色体和scaffold的起始位置,第一个染色体的位置是0
    3,chromEn 染色体和scaffold的结束位置,染色体的末端位置没有包含到显示信息里面。例如,首先得100个碱基的染色体定义为chromStart =0 . chromEnd=100, 碱基的数目是0-99

    也就是说它和peak是有差别的,

    4.R矩阵

    https://zhuanlan.zhihu.com/p/47250328

    创建矩阵:

    matrix()的原型为:matrix(data=NA, nrow=1, ncol = 1, byrow=FALSE, dimnames=NULL)

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/BlueBlueSea/p/12811810.html
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