一、Linux服务器安装canu
1. 下载canu（版本canu-1.4）
首先打开Canu安装包下载网页：https://github.com/marbl/canu/releases
下载Source code并上传到服务器上：
2. 解压文件、编译
按照一下安装步骤安装即可：
3. 设置环境变量
安装完成后，添加环境变量:
$ vi ~/.bash_profile
export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH
$ source ~/.bash_profile
二、安装GNUPLOT
确保你服务器有安装 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA
如何安装GNUPLOT？
1. 下载gnuplot（版本5.0.5）
进入下载页面：https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/
2. 解压文件、配置安装路径、编译
$ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz
$ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
$ make
$ make install
3. 配置环境变量、编译
$ vi ~/.bash_profile
export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH
$ source ~/.bash_profile
三、Canu的简单使用
1. 设置spec文件
$ vi spec.txt
useGrid=1
gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
corOutCoverage=80
ovbMemory=8g
maxMemory=500g
maxThreads=48
ovsMemory=8-500g
ovsThreads=4
oeaThreads=4
2. 运行
$ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq