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  • 三代测序数据分析软件Canu的安装和使用(连载1)

    一、Linux服务器安装canu

    1.   下载canu(版本canu-1.4)

       首先打开Canu安装包下载网页:https://github.com/marbl/canu/releases

       下载Source code并上传到服务器上:

    2.   解压文件、编译

       按照一下安装步骤安装即可:

     

    3.   设置环境变量

    安装完成后,添加环境变量:

    $ vi ~/.bash_profile 

        export PATH=/public1/your-directory/canu-1.4/Linux-amd64/bin:$PATH

    $ source ~/.bash_profile

    二、安装GNUPLOT

    确保你服务器有安装 GNUPLOT和1.8版本以上的JAVA

    如何安装GNUPLOT?

    1.   下载gnuplot(版本5.0.5)

       进入下载页面:https://sourceforge.net/projects/gnuplot/files/gnuplot/5.0.5/

    2.   解压文件、配置安装路径、编译

    $ tar -zxvf gnuplot-5.0.5.tar.gz

    $ ./configure --prefix=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5

    $ make

    $ make install

    3.   配置环境变量、编译

    $ vi ~/.bash_profile

        export GNUPLOT=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5
        export PATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/bin:$PATH
        export MANPATH=/public1/home/Serenity/installed_software/gnuplot-5.0.5/share/man/man1:$MANPATH

    $ source ~/.bash_profile

    三、Canu的简单使用

    1.   设置spec文件

    $ vi spec.txt

    useGrid=1
    gridOptions=-S /bin/bash -q all.q -l mem_free=60g
    gridEngineThreadsOption=-pe mpi THREADS
    gridEngineMemoryOption=-l mem_total=MEMORY
    corOutCoverage=80
    ovbMemory=8g
    maxMemory=500g
    maxThreads=48
    ovsMemory=8-500g
    ovsThreads=4
    oeaThreads=4

    2.   运行

    $ canu -s spec.txt -p ecoli -d ecoli-auto genomeSize=4.8m -pacbio-raw p6.25x.fastq

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