github下载地址:https://github.com/gh-rdf3x/gh-rdf3x
rdf3x是用C++编写的,linux系统中,需要对其编译进行编译
1、安装g++编译器
sudo apt-get install g++
2、对rdf3x文件夹进行编译
make
成功后,rdf3x文件夹内生成bin文件夹,bin里就是我们要用到的工具了
3、使用rdf3x自带工具,都是在bin文件夹里进行的(注意命令间的空格)
(1)进入bin文件夹
cd home/don/桌面/gh-rdf3x-master/bin
(2)使用rdf3xload工具,读取ttl文件并将之生成二进制文件,取名(随意)为dataDB
./rdf3xload dataDB /home/don/桌面/chembl_20.0_bindingsite.ttl
(3)使用rdf3xdump工具,将上面的二进制文件转换为字符串文件
./rdf3xdump dataDB --row> bindingsite 2>strings
其中,"2>strings"表示生成bindingsite后,再生成第二个文档strings,strings文档里是一些rdf3x的说明,可不添加,只生成bindingsite文档即可:
./rdf3xdump dataDB --row> bindingsite
如果要将生成的文档放在一个文件夹里,如chembl文件夹,在bin目录建一个chembl文件夹,然后输入以下命令:
./rdf3xdump dataDB --row> chembl/bindingsite