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如果说饼图是“掰弯”的单列堆叠图，那么堆叠图则是排排站的“刚直”饼图，详情参考《ggplot2“掰弯”条形图实操教程》一文。其实，堆叠图比饼图更强大，在展示系列数据的百分比同时还可以展示不同比例的变化规律。比如，微生物组学中，它可以很好地展示出微生物种群的丰度变化。
堆叠图一般有两种：直接“堆叠”原始数据（第一种）或者“堆叠”原始数据的“百分比”（第二种）。下面使用不同物种（细菌）的绝对丰度数据为例为大家演示这两种堆叠图的绘制方法。
第一种
本文所用数据来自基迪奥生物的16s范例结题报告（12个样本），如下。
打开软件后，通过双击窗口灰色区域或点Prism(棱镜)的小三角，新建工程文件。在弹出的向导窗口选择表格类型为Grouped，如下图。
将数据复制粘贴到Prism的表格中，接下来需要对数据矩阵做转置，点击Analyze按钮，计算方法选Transpose X and Y，如下：
转置参数的设置保持默认即可，如下：
转置效果如下，当然也可在Excel中做完转置再粘贴到Prism中，这里主要还是想为大家介绍下Prism的分析功能。接着点击Graphs选项下新生成的图表，选择相应的图表类型。
堆叠图在Grouped 的summary data选项下，如下图。
接着对图表做一些个性化的调整，比如改变颜色、调整坐标轴的粗细等，这些操作在之前的教程已反复出现过，这里不做赘述。这里重点介绍一个非常好用的功能：反转堆叠顺序。
除了反转柱状图的堆叠次序之外，还可以反转相应的图例顺序，这样就可以方便地把“Unclassified”置于最“底”层，如下图。
第二种
首先，我们需要先对转置后的数据进行处理：计算每个物种的绝对丰度占比（即相对丰度）。点Analyze 按钮，计算方法选Fraction of total，如下：
计算方式选择按行计算，计算结果以百分数的方式显示（最大值为100），设置如下：
然后打开计算结果页面，在Graph选项下新建图表，图表类型选择堆叠图，如下：
然后只需要对图表做些个性化的调整即可，比如，颜色可以选择只有两种色相的渐变色。图例的位置还可以自己调整，比如分成两列置于图表的下方等，这里不做赘述。
最终的效果如下：
最后，你也可以直接使用相对丰度绘制百分比堆叠图，这样就不需要用Prism计算百分数啦！如果你想学习Prism这个软件可以点击 阅读原文，观看刚上线的Graphpad Prism科研作图系列视频教程，好啦，今天的内容就到这里啦！
纵坐标改为百分数，首先data表的数据要是percentage而不是fraction，即45%在表格中显示为45，作图时坐标范围在0~100，设置坐标轴格式，在Format Axes→Suffix处填上%即可