首先，两者确实有区别，其次，有区别是因为.Net Framework机制。
MSDN上对这种区别的说法是：int是System.Int32的别名。
但这种说法太模糊了。究其根本是因为.Net Framework的机制。
.Net Framework是一个平台，不只是用于C#，除了C#还有VB .Net Framework,C++.Net Framework等等。.Net Framework是一个可以运用于很多语言和系统的编程平台。所以.Net Framework为了兼容这些语言，就必须有一个其内部统一的写法（或者说设计），这就是System.Int32。
而相对于System.Int32，int这种写法是属于C#语言的写法，其他语言中有的可能相同，有的可能不同。所以官方说的“别名”就是指int是System.Int32在C#语言中特别名称。
所以两者所代表的含义是相同的，只是写法不同。前者是为了兼容其他语言，后者则是隶属C#。
综上：如果你的程序需要考虑在.Net Framework中进行跨语言交互（与VB或C++等），则使用System.Int32，否则int即可。
深入：
与System.Int32的情况类似，其他基本类型，如：System.Int64与long，System.Int16与short，都是同理。
那.Net Framework又是什么样的运作原理？
分为三步：
i：书写完代码
ii：将代码编译为中间语言（CIL）//这一部分至关重要
iii：将CIL（通过JIT）编译为本机语言