1. make 是用来执行Makefile的。
2. Makefile是类unix环境下(比如Linux)的类似于批处理的"脚本"文件。其基本语法是: 目标+依赖+命令，只有在目标文件不存在，或目标比依赖的文件更旧，命令才会被执行。由此可见，Makefile和make可适用于任意工作，不限于编程。
3. Makefile+make可理解为类unix环境下的项目管理工具，但它太基础了，抽象程度不高，而且在windows下不太友好(针对visual studio用户)，于是就有了跨平台项目管理工具cmake
4. cmake是跨平台项目管理工具，它用更抽象的语法来组织项目。虽然，仍然是目标，依赖之类的东西，但更为抽象和友好，比如你可用math表示数学库，而不需要再具体指定到底是math.dll还是libmath.so，在windows下它会支持生成visual studio的工程，在linux下它会生成Makefile，甚至它还能生成eclipse工程文件。也就是说，从同一个抽象规则出发，它为各个编译器定制工程文件。
5. cmake是抽象层次更高的项目管理工具，cmake命令执行的CMakeLists.txt文件。
6. qmake是Qt专用的项目管理工具，对应的工程文件是*.pro，在Linux下面它也会生成Makefile，当然，在命令行下才会需要手动执行qmake，完全可以在qtcreator这个专用的IDE下面打开*.pro文件，使用qmake命令的繁琐细节不用你管了。
总结一下，make用来执行Makefile，cmake用来执行CMakeLists.txt，qmake用来处理*.pro工程文件。Makefile的抽象层次最低，cmake和qmake在Linux等环境下最后还是会生成一个Makefile。cmake和qmake支持跨平台，cmake的做法是生成指定编译器的工程文件，而qmake完全自成体系。
具体使用时，Linux下，小工程可手动写Makefile，大工程用automake来帮你生成Makefile，要想跨平台，就用cmake。如果GUI用了Qt，也可以用qmake+*.pro来管理工程，这也是跨平台的。当然，cmake中也有针对Qt的一些规则，并代替qmake帮你将qt相关的命令整理好了。
另外，需要指出的是，make和cmake主要命令只有一条，make用于处理Makefile，cmake用来转译CMakeLists.txt，而qmake是一个体系，用于支撑一个编程环境，它还包含除qmake之外的其它多条命令(比如uic，rcc,moc)。
上个简图，其中cl表示visual studio的编译器，gcc表示linux下的编译器