解决问题之前，最好先通过事件查看器看下错误日志：开始-> 运行：eventvwr.msc ；
问题原因一：framework1.1 和 framework2.0同时存在是出现Server Application Unavailable错误；
解决办法： 在IIS中新建一个应用程序池，然后选中你的 基于.net framework2.0的虚拟目录，点“属性”－>在“应用程序池” 中选择刚才新建的的应用程序池，点击“确定”。
问题原因二：权限问题；
一般跟三个文件夹的读/写权限有关：
1、 C:\Inetpub；
2、 网站所在文件夹；
3、 Framework所在文件夹；
解决办法:在该web sites的virtual directory下,将Permissions设置一下,里面应包含 ：ASP.NET 、 IWAM_MachineName 、 Local_Service 、 Network_Service 、System
而且权限要设置为write & read.
如果服务器是 win2003+NTFS 那还需要给一个 IIS_PWG 用户的权限 不然修改数据库会出错！！！！
你看看这个目录的安全权限设置：
C:\WINDOWS\Microsoft.NET\Framework\v2.0.50727
至少要有ASPNET用户，以及IIS_WPG组权限，其它还有，我估计这两个比较重要。
文章参考：http://hi.baidu.com/tenglong100/blog/item/0b981f08235f982e6b60fbb4.html