根据查询资料及个人意见将区别主要分为四类，具体如下：
1、本质区别--对象不同
互联网应用主要面向的是陌生用户，网站对于他们来说是自助系统(类似于ATM取款机)，不需要、也不可能对他们强制培训，比如用户注册，登录等。
企业应用主要面向的是公司员工，带有强制性，而且上岗前、或系统上线前，一般都有培训，比如工行柜台员工那个Windows客户端的功能。相对于互联网应用，用户体验并不是优先考虑的。但有一点会很重视，那就是便捷性，如快捷键，因为这些应用一般都是运营系统，员工每天都是重复做那些事情，效率很关键。
2、可配置性
互联网应用不强调可配置性，一般的商城、论坛等，每个用户能做的事情都是一样的。虽然像朋友圈那种，允许用户做一些自定义，但是只是页面组件和模板化的技术，跟企业应用的可配置性还不一样 。
企业应用会面对很多定制需求。如产品，要提供给不同的项目，而每个项目的需求都会有一些细微的差异。同样的工单，不同项目需要不同字段；工单端到端的业务流程，不同的项目有不同的环节；另外不同的项目，可能会与不同的外部系统对接。如果是单应用支撑单项目的情况，可以通过定制开发的方式实现，只是工作量的问题。但是一旦转变成多租户的部署形式，就会相当麻烦，主要是升级的时候不能互相影响，还有怎么处理数据库表结构的差异 。所以，这是比互联网应用复杂的地方 。
3、数据隔离
网站的大部分数据是必须共享的，否则就会发生用户看不到某些帖子、不能买某些商品等错误的情况。但是对于企业应用来说，数据隔离不但不是问题，反而是需求。A项目的用户不应该看到B项目的数据，把不同项目的数据隔离开完全没有问题。因此，在企业应用中，把数据隔离开，应用只能读取其中的一部分，是可以接受的
4、用户行为驱动 vs 业务流程驱动
互联网是用户行为(意图)驱动，带有随机性，而且不同的用户有不同的浏览习惯。比如豆瓣网的书籍详细页：书籍评分、查看类似的书、查看书评、添加书评等，并没有严格的逻辑或流程。同一个书籍界面，书商(作者)、读者、点评者，对该页面的关注点都不一样，就如同企业应用里面的不同用户角色，登录到系统看到的界面不一样。而且，用户查到该书后，他的浏览顺序、下一步操作都有随机性。很可能因为网站速度慢，他点击了关闭。诸如淘宝网，前台网站属于互联网应用
企业应用一般是协作式系统，协作式系统涉及到协作流程，也就是工作流，比如订单处理流程、病人应诊流程。当然，也有很多模块是没有流程的，如交电费。但它们基本上都可以抽象为表格+表单+流程。再如供买家使用产品、订单模块等都属于企业应用。