1. 关于股权比例的约定； 公司的股权在未来存在多种变化的可能性， 比如：代持股权的比例并非一成不变，公司未来的增资扩股将导致股权比例的稀释，则实际出资人的利益将很难得到保障。
2. 实际出资人难以确立股东身份的风险； 虽然司法解释肯定了股权代持协议的效力，但是投资权益并不等同于股东权益，投资权益只能向名义股东（代持人）主张，而不能直接向公司主张，存在一定的局限性。 根据公司法解释，必须经过公司半数以上股东同意，实际出资人方可向法院请求公司变更股东、签发出资证明书、记载于股东名册、记载于公司章程并办理公司登记机关登记。
3. 名义股东侵害实际出资人利益的风险； 在一般的股权代持关系中，实际出资人在幕后，名义股东则在台前代为行使股东权利，面对各种诱惑，很可能出现名义股东侵害实际出资人利益的情形。 比如：名义股东不向实际投资人转交资产收益，滥用股东权利（重大决策事项未经协商），擅自处置股权（转让、质押）等等。
4. 再者说说名义股东的风险； 比如：当实际投资人未履行出资义务时，若债权人追索，则名义股东需要在承诺的出资范围内承担补缴出资的义务，而不能以其不是实际投资人为由拒绝承担责任。
5. 未来股权转让的税务风险； 当然，如果实际出资人和名义股东各司其职良好合作，以上风险也许都能避免。但是代持协议还有一个绕不开的问题——即未来股权转让的税务风险。 当条件成熟、实际出资人准备解除代持协议时，税务问题就随之而来——从外观上看，实际出资人是从名义股东那里受让了股权，当然需要缴税！通常，税务机关对于当事人辩称因为股权代持关系，并未发生股权转让的说法并不认可，要求按照公允价值计算缴税。