ERP的物流管理只偏重于帐务的管理，对现场实物流的及时性和精细程度管理均不够，无法满足企业日益精细化管理的需求，WMS可以弥补这个缺陷，WMS采用条码技术及时反应物流过程中的变化，同时将存量细化到货架、货位、工单、产线、工位等，确保库存的透明性、可靠性与精细性，协同生产计划及实际生产状况，从而达到对仓库作业及生产的指导作用。
WMS与MES的整合效益主要体现在追溯链的打通、库存透明化及指导仓库作业和生产，下面进行介绍：
在分拣时，将配料标签与供应商的物料标签进行关联，也即把物料的供应商信息及仓库流转信息传递到配料标签上，当物料连同配料标签送到车间时通过配料标签达到精确追溯及防错目的。对于只需要模糊追溯的物料，则通过领料时将工单与物料的供应商信息及仓库流转信息进行关联即可;
WMS提供透明、及时、精细的库存信息，计划部门在WMS中根据库存及物料到货状况，在MES完成生产调度;同时现场仓管人员在MES中实时跟踪车间的执行状况，按需进行物料配送，构建采购、计划、物流、生产的高效协同体系。成品(半成品)下线后，MES需要向WMS提供下线产品信息及数量，完成自动入库动作。
综上所述，WMS与MES的整合应当是双向的，WMS向MES传递物料的供应商及仓库流转信息以及精细的仓库库存用以指导生产计划及执行;MES向WMS传递生产计划、作业调度及及时的物料耗用及成品下线状况，以指导物流按需配送及成品库存自动统计。