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  • PhastCons

    PhastCons是根据phylo-HMM模型对序列的保守性进行计算。

    PhastCons的输入是一个带有枝长的系统发育树和比对好的序列,系统发育树需要用中性位点来构建,我们要找的保守序列在演化过程中受到纯化选择或负选择,而中性位点是一种nonconserved的状态,可以用来作为背景去估算conserved状态的枝长。conserved状态的枝长都要低于nonconserved状态的枝长,因为序列越保守,序列相似度就越高,代表枝长的替换速率就越低。

    未完待续。。
    (本文只用于个人学习记录,内容不一定正确,请勿参考)

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/RyannBio/p/13391157.html
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