安装conda，并添加频道及配置环境

安装conda

wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ##-c 表示断点续传

bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

添加频道

conda config --add channels

官方频道

conda config --add channels bioconda
conda config --add channels conda-forge
conda config --set show_channel_urls yes

北外镜像频道

conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/conda-forge/
conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/bioconda/

conda config --set show_channel_urls yes

删除频道

conda config --remove channel1

配置环境

conda create -n X X表示创建的小环境的文件的名称

修改创建的环境

conda create -n X1 --clone  X2

启动conda小环境

[huweichang@ln02 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base                  *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3
mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
py2                      /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2

[huweichang@ln02 ~]$ conda activate py2
(py2) [huweichang@ln02 ~]$ conda env list
# conda environments:
#
base                     /public-supool/home/huweichang/miniconda3
mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
py2                   *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2

删除已配置的小环境及安装的包

conda remove -n  X --all

安装指定版本

多个软件一块安装

conda install -y multiqc fastp

查看当前环境安装的软件

conda list

查看符合正则表达式的软件

conda list fast*

查看指定环境的软件

conda list -n mq

升级安装的软件

conda update fastqc

删除特定环境下的特定软件

conda remore -n mq maxquant

conda会提醒是否升级，但是一般不影响使用就不用管他

 conda update conda

conda常见命令

版本控制和转移