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  • 安装conda,并添加频道及配置环境

    安装conda

    wget -c https://repo.continuum.io/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh  ##-c 表示断点续传
    bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh

    添加频道

    conda config --add channels

    官方频道

    conda config --add channels bioconda
    conda config --add channels conda-forge
    conda config --set show_channel_urls yes

    北外镜像频道

    conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/free/
    conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/main/
    conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/conda-forge/
    conda config --add https://mirrors.bfsu.edu.cn/anaconda/pkgs/cloud/bioconda/

    conda config --set show_channel_urls yes

    删除频道

    conda config --remove channel1

    配置环境

    conda create -n X X表示创建的小环境的文件的名称

    修改创建的环境

    conda create -n X1 --clone  X2

    启动conda小环境

    [huweichang@ln02 ~]$ conda env list
    # conda environments:
    #
    base                  *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3
    mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
    py2                      /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
    python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2
    
    [huweichang@ln02 ~]$ conda activate py2
    (py2) [huweichang@ln02 ~]$ conda env list
    # conda environments:
    #
    base                     /public-supool/home/huweichang/miniconda3
    mq                       /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/mq
    py2                   *  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/py2
    python2                  /public-supool/home/huweichang/miniconda3/envs/python2

    删除已配置的小环境及安装的包

    conda remove -n  X --all

    安装指定版本

    多个软件一块安装

    conda install -y multiqc fastp

    查看当前环境安装的软件

    conda list

    查看符合正则表达式的软件

    conda list fast*

    查看指定环境的软件

    conda list -n mq

    升级安装的软件

    conda update fastqc

    删除特定环境下的特定软件

    conda remore -n mq maxquant

    conda会提醒是否升级,但是一般不影响使用就不用管他

     conda update conda

    conda常见命令

    版本控制和转移

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/SWTwanzhu/p/14458789.html
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