前言
我是用vnote写好论文的markdown初稿。vnote是专门为程序员开发的markdown编辑器，其除了支持常规的mermaid.js、latex数学公式外可以支持plantuml（可以方便的画uml图）。当然普通人可以使用typora作为markdown编辑器。markdown初稿的主要是用于完成大致的文章内容。
在编写好markdown初稿后，使用pandoc将其转换成latex格式，以便套用latex模板。pandoc MANUAL
正文
markdown转成latex
我平时用的转换命令如下：
pandoc --top-level-division=chapter --natbib --columns=38 -o xxx.tex xxx.md
pandoc -s可以让输出的文件自成一体，即输出的文件自带一些辅助用的配置项和宏之类的。部分辅助配置也是重要的
% PassOptionsToPackage{unicode=true}{hyperref} % options for packages loaded elsewhere
% PassOptionsToPackage{hyphens}{url}
%
% documentclass[]{book}
% usepackage{lmodern}
% usepackage{amssymb,amsmath}
% usepackage{ifxetex,ifluatex}
% usepackage{fixltx2e} % provides extsubscript
% ifnum 0ifxetex 1fiifluatex 1fi=0 % if pdftex
% usepackage[T1]{fontenc}
% usepackage[utf8]{inputenc}
% usepackage{textcomp} % provides euro and other symbols
% else % if luatex or xelatex
% usepackage{unicode-math}
% defaultfontfeatures{Ligatures=TeX,Scale=MatchLowercase}
% fi
% % use upquote if available, for straight quotes in verbatim environments
% IfFileExists{upquote.sty}{usepackage{upquote}}{}
% % use microtype if available
% IfFileExists{microtype.sty}{%
% usepackage[]{microtype}
% UseMicrotypeSet[protrusion]{basicmath} % disable protrusion for tt fonts
% }{}
% IfFileExists{parskip.sty}{%
% usepackage{parskip}
% }{% else
% setlength{parindent}{0pt}
% setlength{parskip}{6pt plus 2pt minus 1pt}
% }
% usepackage{hyperref}
% hypersetup{
% pdfborder={0 0 0},
% breaklinks=true}
% urlstyle{same} % don't use monospace font for urls
usepackage{color}
usepackage{fancyvrb}
%
ewcommand{VerbBar}{|}
%
ewcommand{VERB}{Verb[commandchars=\{}]}
% DefineVerbatimEnvironment{Highlighting}{Verbatim}{commandchars=\{}}
% Add ',fontsize=small' for more characters per line
%
ewenvironment{Shaded}{}{}
%
ewcommand{AlertTok}[1]{ extcolor[rgb]{1.00,0.00,0.00}{ extbf{#1}}}
%
ewcommand{AnnotationTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{ extbf{ extit{#1}}}}
%
ewcommand{AttributeTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.49,0.56,0.16}{#1}}
%
ewcommand{BaseNTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
%
ewcommand{BuiltInTok}[1]{#1}
%
ewcommand{CharTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
%
ewcommand{CommentTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{ extit{#1}}}
%
ewcommand{CommentVarTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{ extbf{ extit{#1}}}}
%
ewcommand{ConstantTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.53,0.00,0.00}{#1}}
%
ewcommand{ControlFlowTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{ extbf{#1}}}
%
ewcommand{DataTypeTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.56,0.13,0.00}{#1}}
%
ewcommand{DecValTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
%
ewcommand{DocumentationTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.73,0.13,0.13}{ extit{#1}}}
%
ewcommand{ErrorTok}[1]{ extcolor[rgb]{1.00,0.00,0.00}{ extbf{#1}}}
%
ewcommand{ExtensionTok}[1]{#1}
%
ewcommand{FloatTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.63,0.44}{#1}}
%
ewcommand{FunctionTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.02,0.16,0.49}{#1}}
%
ewcommand{ImportTok}[1]{#1}
%
ewcommand{InformationTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{ extbf{ extit{#1}}}}
%
ewcommand{KeywordTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{ extbf{#1}}}
%
ewcommand{NormalTok}[1]{#1}
%
ewcommand{OperatorTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.40,0.40,0.40}{#1}}
%
ewcommand{OtherTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.00,0.44,0.13}{#1}}
%
ewcommand{PreprocessorTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.74,0.48,0.00}{#1}}
%
ewcommand{RegionMarkerTok}[1]{#1}
%
ewcommand{SpecialCharTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
%
ewcommand{SpecialStringTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.73,0.40,0.53}{#1}}
%
ewcommand{StringTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
%
ewcommand{VariableTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.10,0.09,0.49}{#1}}
%
ewcommand{VerbatimStringTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.25,0.44,0.63}{#1}}
%
ewcommand{WarningTok}[1]{ extcolor[rgb]{0.38,0.63,0.69}{ extbf{ extit{#1}}}}
usepackage{longtable,booktabs}
% Fix footnotes in tables (requires footnote package)
IfFileExists{footnote.sty}{usepackage{footnote}makesavenoteenv{longtable}}{}
usepackage{graphicx,grffile}
makeatletter
defmaxwidth{ifdimGin@nat@width>linewidthlinewidthelseGin@nat@widthfi}
defmaxheight{ifdimGin@nat@height> extheight extheightelseGin@nat@heightfi}
makeatother
% Scale images if necessary, so that they will not overflow the page
% margins by default, and it is still possible to overwrite the defaults
% using explicit options in includegraphics[width, height, ...]{}
setkeys{Gin}{width=maxwidth,height=maxheight,keepaspectratio}
setlength{emergencystretch}{3em} % prevent overfull lines
providecommand{ ightlist}{%
setlength{itemsep}{0pt}setlength{parskip}{0pt}}
% setcounter{secnumdepth}{0}
% % Redefines (sub)paragraphs to behave more like sections
% ifxparagraphundefinedelse
% letoldparagraphparagraph
%
enewcommand{paragraph}[1]{oldparagraph{#1}mbox{}}
% fi
% ifxsubparagraphundefinedelse
% letoldsubparagraphsubparagraph
%
enewcommand{subparagraph}[1]{oldsubparagraph{#1}mbox{}}
% fi
% % set default figure placement to htbp
% makeatletter
% deffps@figure{htbp}
% makeatother
图片
可以在markdown中引入图片
{width=100% #fig:xxid}
论文通常要引用图片，我这里直接用的latex的语法
ef{fig:xxid}
另外如何用Markdown写论文？中说{@fig:id}也可以，不过我尝试后，没有成功的得到相应的latex语句。
表格
给表格起名字，在markdown的表格后面的紧贴着的一行输入
Table: xxxtablename
但是似乎没有给表格添加label以供引用的命令，需要自己手动在生成的.tex文件中的caption{xxxtablename}后添加lable{tab:xxxtableid}以后其他引用。
引用表格和引用图片相似，我是在markdown中直接用latex的语法：
ef{tab:xxxtableid}
参考文献
使用.bib文件作为参考文献存放处，可以在markdown中[@xxx]引用参考文献。
latex需要编译四次，才能正确的编号参考文献等。
uml
之前在vnote里画plantuml和画mermaid里的图类似
```puml
@startuml
xxx
@enduml
```
但是在调用pandoc转换成latex后，其会被当做verbatim环境。
有两种方法可以在latex渲染出plantuml
- 将plantuml语句单独拿出来成文件，调用相应的jar，生成图片（png、eps等文件），然后按照引入图片的形式引入。
- 使用plantuml.sty。其提供在latex里渲染plantuml代码的能力。需要注意的是其要求plantuml环境。以及如何安装.sty(我是将plantuml.sty文件放入 C: exlive exmf-local exlatexlocalplantuml文件夹)
ps: 第2中方法可能无法运行plantuml命令
方法一：
我把作者的
ewcommand{plantuml@cmd}{plantuml}
换成
ewcommand{plantuml@cmd}{java -jar C:plantuml.jar -charset UTF-8}
就可以了。最后一个{}里是关于plantuml程序的命令行启动命令，你根据自己的实际情况调整吧。
方法二：
在shell里定义命令plantuml，使其可以启动plantuml程序。
另外，作者脚本里默认输出png格式的，如果想改为eps格式的话，
将作者的
ewcommand{plantuml@parm}{-tpng}
改为
ewcommand{plantuml@parm}{-teps}
以及将作者的
ewcommand{plantuml@outext}{png}
改为
ewcommand{plantuml@outext}{eps}
即可。