动态规划和回溯法实现生物碱基序列全局匹配

题目：

1. Find the best globe alignment of sequences TTCGGGGATG and TATATGGGTCG using daynamic programming.
2. Find the local alignments of sequences ATGGTTCCTTGGTA and GGAGTATATTTATGTAC using dynamic programming.

思路分析：

匹配的优劣主要有匹配的得分来衡量，如匹配正确‘GG’为1分，匹配错误如‘GC’为-1分，而一方缺失如‘G~’为-2分，‘~~’非法。总得分为最后匹配完成后所有碱基对的总和。

直接使用暴力搜索显然是时间复杂性不允许的，所以可以考虑使用动态规划法，而匹配的结果可能不止一个，这又涉及到图论中有向图两点间路径的遍历问题，可以考虑采用回溯法，数据结构方面，使用MATLAB结构体数组表示图，使用栈来实现回溯法。

而输入和结果输出方面使用简单的MATLAB图形界面编程即可，不必过分在意。

实现步骤：

       总函数为Align，可以将所有函数文件放在一个文件Align.m里，Align函数只要包含输入部分程序，然后调用GlobeAlignment和LocalAlignment函数即可。

       GlobeAlignment的功能是实现碱基链的总体匹配，调用了下面四个函数：

Vmat = getStruct(Squence_1,Squence_2);
Vmat= globeStruct(Vmat,Squence_1,Squence_2);
[GlobeResult,Vmat] = globeSolve(Vmat);
printAlignResult(Vmat,GlobeResult);

其中，getStruct函数主要构建二维结构体数组，每个数组元素的结构体元素如下：

alignValue:分值，如x(1,1).alignValue = 1;

alignChar:匹配元素,类型为二维数组，如[A,C]；

maxDrec:可联通元素位置,初始为[],如对于第(1,1)个元素，maxDrec可能是[ ];

isGetted:是否访问过的记录，但不是只要访问过就改记录，而是出栈之后记录，而只要当连续入栈出栈时才依据其作判断。

globeStruct函数主要是对矩阵的前三个量进行赋值，alignValue和alignDrec的赋值规则及最优轨迹的寻找如下图1至图6所示：

GlobeSolve函数为核心程序，是在以上步骤完成后，进行的回溯法遍历起点到终点的轨迹，从而输出所有的最佳匹配。整个算法流程如下（以上图为例）：

1．栈内元素（坐标）为（1,1）（栈顶元素），（2,2），（3,3），（4,3），（5,4）；

2．（1,1）出栈，检查（2,2）点除（1,1）点外的可达点，没有则退栈；

3．现在栈顶为（3,3），再次退栈，栈顶为（4,3）；

4.（3,2）入栈，为栈顶，两可通点任选一个比如（2,2）入栈；

5.（1,1）入栈，输出整个栈，（1,1）再次出栈；

6.（2,1）入栈,(1,1)入栈，输出栈；

7.这一步很关键，（1,1），（1,2）出栈后，按照上述规则（2,2）又会入栈，这样不只是影响起点出栈和遍历结束，加入初始最优路径是（1,1），（2,1）,(3,2),(4,3),(5,4),则程序将反复在这两条轨迹之间遍历，不能遍历所以路径，所以这一步要加控制语句，即当紧接出栈后的入栈时，要检查一下准备入栈的元素的是否入过栈的记录，比如图中（2,1）出栈后，检查（2,2）已入过栈，则不再入栈，直接在退栈。这样做的依据是程序的递归性决定了某个访问过的分支起点（图中为（2,1））不可能再次访问。

       其他部分程序思想较为简单，且程序中已有注释，不再解释。

       由于LocalAlignment的思想与GlobeAligment类似，由于时间因素，没有实现。

结果表现：

直接运行Align命令或者函数程序得到下面选择对话框：

选择GlobeAlignment，得到输入对话框，输入两个碱基链：

之后得到结果： 

对于题目中的序列，得到如下结果： 

所以这两个序列的最佳匹配唯一。

结果分析与程序反思：

       值得注意的是一般的回溯法的入栈和入栈时考虑不够周全，所以有可能不能全部遍历；在空间复杂性和时间复杂上，可能使用C语言、Java等会更加理想；代码的简洁性还可以提高。

程序：Align.m

function Align
%author@Tiger Zhang
%To Find the best globe alignment of sequences
%Using dynamic programming 
%% function used:
%  GlobeAlignment(Squence_1,Squence_2)
% [GlobeResult,VmatNew] = globeSolve(Vmat)
% MatNew = cleanVector(Mat,Vec)
% printAlignValue(Vmat); 测试用
% printAlignResult(Vmat,ResultCell);
% VmatNew = globeStruct(Vmat,Squence_1,Squence_2)
% Vmat = getSturct(Squence_1,Squence_2)
% Score = fScore(Squence_1,Squence_2)
% score = fAlign(a,b)
% [char_a,char_b] = posiToChar(baseListPosi, j,Posi_a,Posi_b)

%% 输入部分：使用GUI进行输入
[Method_Select,isok]=listdlg('liststring',{'GlobeAlignment','LocalAlignment'},...  
    'listsize',[250 120],'OkString','OK','CancelString','Cancel',...  
    'promptstring','Alignment Method','name','Choose the Method', ...
    'selectionmode','multiple');  
%Method_Select = 'red';
Squence = inputdlg({'The first Squence','The second Squence'}, ...
    'Input and Alignent',[1 50;1 50]);
% options.position = [100 100 300 200];
Squence_1 = Squence{1};
Squence_2 = Squence{2};
if length(Squence_1) < length(Squence_2)
    Temp_squence = Squence_1;
    Squence_1 = Squence_2;
    Squence_2 = Temp_squence;
end
%% 动态规划匹配程序
if Method_Select == 2
    %LocalAlignment
      LocalAlignment(Squence_1,Squence_2);
else
     %GlobeAlignment
      GlobeAlignment(Squence_1,Squence_2);
end

%% 显示结果部分：
% h=waitbar(0,'开始绘图');
% pause(1); %延迟1秒
% ha=get(h,'children');
% hac=get(ha,'children');
% hapa=findall(hac,'type','patch');
% set(hapa,'Edgecolor','g','FaceColor','b');
% for i=1:100
%     
%     waitbar(i/100,h,['已完成' num2str(i) '%']);
%     pause(0.1);
% end

end
%------------------------------------------------------------------------------

function GlobeAlignment(Squence_1,Squence_2)
%% 说明(little long)：The Dynamic Programming consists of the
% following three essential components:
% 1.The recursive argument;
% 2.The tabular computation;
% 3.The traceback:reconstruct the best alignment
%     大体实现思路是根据字符串大小建立二维结构体矩阵，每个结构体包含两个元素，分别是：
% alignValue:分值，如x(1,1).alignValue = 1;
% alignChar:匹配元素,类型为二维数组，如[A,C]；
% maxDrec:可联通元素位置,初始为[],如对于第(1,1)个元素，maxDrec可能是[0,0;];
%     之后根据递归规则填充矩阵alignValue，直到完毕；然后是记录从终点回溯过程中
% 增加分值的联通路线，即改变maxDrec的值和维数；
%     最后从终点开始在可联通路线中遍历，相当于在一个三叉树中寻找两结点之间的路径。

%初始化规则：
% V[0,0] = 0;
% V[i+1,0] = V[i,0] + fAlign(s[i+1],-);
% V[0,i+1] = V[0,j] + fAlign(-,t[j+1]);
%   Squence_1 ='AAAG';%'TTCGGGGATG';%
%   Squence_2 ='ACG';% 'TATATGGGTCG';%
if length(Squence_1) <length(Squence_2)
    temp_s = Squence_2;
    Squence_2 = Squence_1;
    Squence_1 = temp_s;
end
Vmat = getStruct(Squence_1,Squence_2);
Vmat= globeStruct(Vmat,Squence_1,Squence_2);
[GlobeResult,Vmat] = globeSolve(Vmat);
printAlignResult(Vmat,GlobeResult);

end
%-------------------------------------------------------------------
function  LocalAlignment(Squence_1,Squence_2)
%% 局部匹配算法其实和全局匹配类似，这里直接省略了
t1 =sprintf('	The Local Alignment method is just similiar to the
');
t2 = sprintf(' Globe Alignment Method,so I did not implement it.');
alignPrint=dialog('name','AlignResult','position', ...
    [300 300 620 200]','Resize','on');  
uicontrol('parent',alignPrint,'style','text','string',t1, ...
    'position',[10 130 600 25],'fontsize',15); 
uicontrol('parent',alignPrint,'style','text','string',t2, ...
    'position',[10 90 600 25],'fontsize',15); 
uicontrol('parent',alignPrint,'style','pushbutton','position',...  
   [260 30 40 25],'string','exit','callback','delete(gcbf)','fontsize',14);
end

%--------------------------------------------------------------------
function [GlobeResult,VmatNew] = globeSolve(Vmat)
%% 求解全局最佳匹配
%思路：在标记好可连通性后，采用有向图求两点间所有
%路径的回溯方法
[length_1,length_2] = size(Vmat);
for i = 1:length_1
    for j = 1:length_2
        Vmat(i,j).maxDrec = unique(Vmat(i,j).maxDrec,'rows');
    end
end
i = length_1;j = length_2;
%这部分将之前的那条路径可连通性赋予
GlobeResult = cell(1);
%% 以下是使用回溯法求解路径
% 要使用到栈，这里用一个可变维数的数组代替栈
%大体上先找到一条路线，打印栈，然后让重点出栈，这时看看栈顶元素有没有
% 通往其他点的路径，如果没有再出栈，如果有则入栈，直到到达终点
% （终点出栈前要打印栈）或者端点这时再让端点出栈，如此反复，直到栈为空
% 结束程序，这时所有的结果都已经找到了；
[a, b] = size(Vmat);
alignStack = [a, b];%初始栈为空；
%找到某条路径
while (b +a) > 2 %注意matlab的while时刻检查者变量大小
     while size(Vmat(a,b).maxDrec,1)==0
         alignStack(1,:) = [];
         a = alignStack(1,1);
         b = alignStack(1,2);
     end
    m = Vmat(a,b).maxDrec(1,1);
    n = Vmat(a,b).maxDrec(1,2);
    alignStack = [m, n; alignStack]; 
    a = m;
    b = n;
end
GlobeResult{1} = alignStack; %保存路径，最后输出
%% 开始回溯 
Temp = alignStack(1,:);
alignStack(1,:) =[];
i_1 = alignStack(1,1);
j_1 = alignStack(1,2);
Count = 1;
isOutInStack = 0;
while size(alignStack,1) > 1
    
    judgeVia = cleanVector(Vmat(i_1,j_1).maxDrec,Temp);
    if size(judgeVia,1) == 0
        Temp = alignStack(1,:);
        alignStack(1,:) = []; 
        Vmat(Temp(1),Temp(2)).isGetted = 0;
        isOutInStack =1;
        
    else
        if isOutInStack==0;
            alignStack = [judgeVia(1,:);alignStack];
        elseif isOutInStack == 1
            Temp = alignStack(1,:);
            length_ju = size(judgeVia,1);
            popCount = 0;
            for k = 1:length_ju
                if Vmat(judgeVia(k,1),judgeVia(k,2)).isGetted==1
                    alignStack = [judgeVia(k,:);alignStack];
                    popCount = 1;
                    isOutInStack = 0;
                end
            end
            if popCount ==0
                Temp = alignStack(1,:);
                alignStack(1,:) = []; 
                Vmat(Temp(1),Temp(2)).isGetted = 0;
                isOutInStack =1;
            end
        end
    end    
    i_1 = alignStack(1,1);
    j_1 = alignStack(1,2);
    
    if i_1==length_1&&length_2==j_1
        break;
    end
   
    if i_1 == 1&&j_1==1
        align_temp = GlobeResult{end};
        if Count==5
            break;
        end
        if Count >=2
            if sum(sum(align_temp-alignStack))==0;
                break;
            end
        end
            Count = Count +1;
            GlobeResult{Count} =alignStack; 
    end 
VmatNew = Vmat;
end
end
%------------------------------------------------------------------
function MatNew = cleanVector(Mat,Vec)
length_Mat = size(Mat,1);
   if length_Mat==0
       MatNew = [];
   else
       for i = 1:length_Mat
            if (Mat(length_Mat +1 - i,:) - Vec).^2==0
                Mat(length_Mat +1 - i,:) = [];
            end
       end
       MatNew = Mat;
   end
    
end
%-------------------------------------------------------------------
function printAlignResult(Vmat,ResultCell)
%% 打印输出结果 
lengthOfRes = length(ResultCell);
baseList_up = [];
baseList_down = [];
 %% 使用gui来表现结果
alignPrint=dialog('name','AlignResult','position', ...
    [300 200 400 500]','Resize','on');  
%options.Resize='on';
start_set = 430;

for i = 1:lengthOfRes
    baseListPosi = ResultCell{i};
    length_list = size(baseListPosi,1);
    for j = 1:length_list
        a = baseListPosi(j,1);
        b = baseListPosi(j,2);
        Posi_a = Vmat(a,b).alignChar(1);
        Posi_b = Vmat(a,b).alignChar(2);
        [char_a,char_b] = posiToChar(baseListPosi, j,Posi_a,Posi_b);
        baseList_up = [baseList_up,char_a];
        baseList_down = [baseList_down,char_b];
    end
    
t =  sprintf('The %dth best alignment:
',i); 
uicontrol('parent',alignPrint,'style','text','string', ...
    t,'position',[50 start_set 200 20],'fontsize',12); 
uicontrol('parent',alignPrint,'style','text','string', ...
    baseList_up,'position',[50 start_set-25 200 20],'fontsize',12); 
uicontrol('parent',alignPrint,'style','text','string', ...
    baseList_down,'position',[50 start_set-45 200 20],'fontsize',12); 

start_set = start_set - 80;   
        
baseList_up = [];
baseList_down = [];
end
uicontrol('parent',alignPrint,'style','pushbutton','position',...  
   [80 10 50 20],'string','exit','callback','delete(gcbf)');

end

%--------------------------------------------------------
function [char_a,char_b] = posiToChar(baseListPosi, j,Posi_a,Posi_b)
    if j ==1
        char_a = '';
        char_b = '';
    elseif j > 1
            if baseListPosi(j,1) == baseListPosi(j-1,1)
                char_a = '~';
                char_b = Posi_b;
            elseif baseListPosi(j,2) == baseListPosi(j-1,2)                
                 char_a = Posi_a;
                 char_b = '~';
            else
                char_a = Posi_a;
                char_b = Posi_b;
            end
   
    end
end

%-----------------------------------------------------------------%

function printAlignValue(Vmat)
%% 打印结构体矩阵的alignValue
[length_1,length_2] = size(Vmat);
    for i = 1:length_1
        for j = 1:length_2
            fprintf('%d  ',Vmat(i,j).alignValue);
        end
        fprintf('
');
    end
end

function VmatNew = globeStruct(Vmat,Squence_1,Squence_2)
%% GlobeAlignment时的矩阵赋值操作
Squence_1 = ['~',Squence_1];
Squence_2 = ['~',Squence_2];
[length_1,length_2] = size(Vmat);
%----边界赋值--------------------------------------------------
    for i = 1:length_1-1
            Vmat(i+1,1).alignValue = Vmat(i,1).alignValue + ...
                fAlign(Squence_1(i+1),Squence_2(1));
                Vmat(i+1,1).maxDrec = [i,1;Vmat(i+1,1).maxDrec];
    end
    for j = 1:length_2-1
            Vmat(1,j+1).alignValue = Vmat(1,j).alignValue + ...
                fAlign(Squence_1(1),Squence_2(j+1));
             Vmat(1,1+j).maxDrec = [1,j; Vmat(1,1+j).maxDrec];
    end
%----内部赋值-------------------------------------------------
% Vmat(length_1,length_2).alignValue = 1000;
i_temp = 2;j_temp =2;
Vmat(1,1).alignValue = 0;
Vmat(1,1).maxDrec = [];
    while i_temp<=length_1&&j_temp<=length_2
        Vmat = getValues(Vmat, i_temp, j_temp);
         for i = i_temp+1:length_1
            Vmat = getValues(Vmat, i, j_temp);
         end
         
         for j = j_temp+1:length_2
            Vmat = getValues(Vmat, i_temp, j);
         end        
         if j_temp == length_2-1&&i_temp < length_1
             i_temp  = i_temp +1;
         else
             if  i_temp <= length_1
                 i_temp = i_temp + 1;
             end
             if j_temp <= length_2 
                 j_temp = j_temp + 1;
             end
         end
         
         
    end
VmatNew = Vmat;
%% 
end

function VmatNew = getValues(Vmat, i, j)
    aValue = Vmat( i - 1, j - 1).alignValue +  ...
        fAlign(Vmat(i, j).alignChar(1),Vmat(i,j).alignChar(2));
    bValue  =  Vmat(i - 1, j).alignValue +  ...
        fAlign(Vmat(i, j).alignChar(1),'~');
    cValue  =  Vmat(i, j - 1).alignValue +  ...
        fAlign('~',Vmat(i, j).alignChar(2));
    AlignValue = max([aValue,bValue,cValue]);
    if aValue == AlignValue&&i - 1>0&&j -1>0
        Vmat(i,j).maxDrec = [i-1,j-1;Vmat(i,j).maxDrec];
    end
    if bValue == AlignValue&&i-1>0
        Vmat(i,j).maxDrec = [i-1,j;Vmat(i,j).maxDrec];
    end
    if cValue == AlignValue&&j-1>0
        Vmat(i,j).maxDrec = [i,j-1;Vmat(i,j).maxDrec];
    end
    
Vmat(i,j).alignValue = AlignValue;
VmatNew = Vmat;

end

function Vmat = getStruct(Squence_1,Squence_2)
%% 产生并初始化结构体
Squence_1 = ['~',Squence_1];
Squence_2 = ['~',Squence_2];
length_1 = length(Squence_1);
length_2 = length(Squence_2);    
    for i  = 1:length_1
        for j = 1:length_2
                Vmat(i,j).alignValue = 0;
                Vmat(i,j).alignChar = [Squence_1(i),Squence_2(j)];
                Vmat(i,j).maxDrec = [];
                Vmat(i,j).isGetted = 1;
        end
    end
end

function Score = fScore(Squence_1,Squence_2)
%% 计算两匹配模式总得分
lengthTwo = length(Squence_1);
Score = 0;
    for i = 1:lengthTwo
        Score = Score + fAlign(Squence_1(i),Squence_2(i));
    end
end

function  score = fAlign(a,b)
%% 用于计算单个碱基比对分数
    if a =='-'&&b =='~'
        error('Error:~ align ~ is  not allowed');
    elseif a=='~'||b=='~'
         score = -2;
    elseif a==b
         score = 1;
    else
         score = -1;
    end
end