HDU2457 DNA repair（AC自动机+DP）

题目一串DNA最少需要修改几个基因使其不包含一些致病DNA片段。

这道题应该是AC自动机+DP的入门题了，有POJ2778基础不难写出来。

dp[i][j]表示原DNA前i位（在AC自动机上转移i步）且后缀状态为AC自动机结点j的最少需要修改的基因数

转移我为人人型，从dp[i][j]向ATCG四个方向转移到dp[i+1][j']，如果结点被标记包含致病基因就不能转移。

#include<cstdio>
#include<cstring>
#include<queue>
using namespace std;
#define INF (1<<30)
int tn,ch[1111][4],fail[1111],idx[128];
bool flag[1111];
void insert(char *s){
    int x=0;
    for(int i=0; s[i]; ++i){
        int y=idx[s[i]];
        if(ch[x][y]==0) ch[x][y]=++tn;
        x=ch[x][y];
    }
    flag[x]=1;
}
void init(){
    memset(fail,0,sizeof(fail));
    queue<int> que;
    for(int i=0; i<4; ++i){
        if(ch[0][i]) que.push(ch[0][i]);
    }
    while(!que.empty()){
        int x=que.front(); que.pop();
        for(int i=0; i<4; ++i){
            if(ch[x][i]) que.push(ch[x][i]),fail[ch[x][i]]=ch[fail[x]][i],flag[ch[x][i]]|=flag[ch[fail[x]][i]];
            else ch[x][i]=ch[fail[x]][i];
        }
    }
}
int d[1111][1111];
int main(){
    idx['A']=0; idx['G']=1; idx['C']=2; idx['T']=3;
    char str[1111];
    int n,t=0;
    while(~scanf("%d",&n) && n){
        tn=0;
        memset(ch,0,sizeof(ch));
        memset(flag,0,sizeof(flag));
        while(n--){
            scanf("%s",str);
            insert(str);
        }
        init();
        scanf("%s",str+1);
        n=strlen(str+1);
        for(int i=0; i<=n; ++i){
            for(int j=0; j<=tn; ++j) d[i][j]=INF;
        }
        d[0][0]=0;
        for(int i=0; i<n; ++i){
            for(int j=0; j<=tn; ++j){
                if(d[i][j]==INF || flag[j]) continue;
                for(int k=0; k<4; ++k){
                    if(flag[ch[j][k]]) continue;
                    if(idx[str[i+1]]==k) d[i+1][ch[j][k]]=min(d[i+1][ch[j][k]],d[i][j]);
                    else d[i+1][ch[j][k]]=min(d[i+1][ch[j][k]],d[i][j]+1);
                }
            }
        }
        int res=INF;
        for(int i=0; i<=tn; ++i) res=min(res,d[n][i]);
        if(res==INF) printf("Case %d: %d
",++t,-1);
        else printf("Case %d: %d
",++t,res);
    }
    return 0;
}