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  • BZOJ1264: [AHOI2006]基因匹配Match

    BZOJ1264: [AHOI2006]基因匹配Match

    Description

    基因匹配(match) 卡卡昨天晚上做梦梦见他和可可来到了另外一个星球,这个星球上生物的DNA序列由无数种碱基排列而成(地球上只有4种),而更奇怪的是,组成DNA序列的每一种碱基在该序列中正好出现5次!
    这样如果一个DNA序列有N种不同的碱基构成,那么它的长度一定是5N。
    卡卡醒来后向可可叙述了这个奇怪的梦,而可可这些日子正在研究生物信息学中的基因匹配问题,于是他决定为这个奇怪星球上的生物写一个简单的DNA匹配程序。
    为了描述基因匹配的原理,我们需要先定义子序列的概念:
    若从一个DNA序列(字符串)s中任意抽取一些碱基(字符),将它们仍按在s中的顺序排列成一个新串u,则称u是s的一个子序列。
    对于两个DNA序列s1和s2,如果存在一个序列u同时成为s1和s2的子序列,则称u是s1和s2的公共子序列。
    卡卡已知两个DNA序列s1和s2,求s1和s2的最大匹配就是指s1和s2最长公共子序列的长度。
    [任务] 编写一个程序: 
    从输入文件中读入两个等长的DNA序列; 
    计算它们的最大匹配; 
    向输出文件打印你得到的结果。

    Input

    输入文件中第一行有一个整数N,表示这个星球上某种生物使用了N种不同的碱基,以后将它们编号为1…N的整数。
    以下还有两行,每行描述一个DNA序列:包含5N个1…N的整数,且每一个整数在对应的序列中正好出现5次。

    Output

    输出文件中只有一个整数,即两个DNA序列的最大匹配数目。

    Sample Input

    2
    1 1 2 2 1 1 2 1 2 2
    1 2 2 2 1 1 2 2 1 1

    Sample Output

    7

    HINT

    [数据约束和评分方法]
    60%的测试数据中:1<=N <= 1 000
    100%的测试数据中:1<=N <= 20 000


    题解Here!

    很显然的一道$DP$题。
    首先,题目要求$LCS$。
    但是$LCS$好像只有$O(n^2)$的做法。。。
    于是我们想要转化问题。
    有个结论:
    两个长度均为$n$的序列$A[i],B[i]$,将$A[i]$在$B[i]$中的位置记录下来,求出其$LIS$,就是两个序列的$LCS$。
    然后对于这个题,我们同样将$A[i]$在B[i]$中的位置记录下来。
    但是我们发现有重复元素怎么办?
    没事,我们记录下所有的位置,然后从大到小排个序就好。
    然后就变成了$LIS$了。
    注意到$nleq 10^5$,所以我们要使用$O(nlog_2n)$的算法。
    这里我使用了树状数组,因为只有不停的加,所以正确性可以保证。
    附代码:
    #include<iostream>
    #include<algorithm>
    #include<cstdio>
    #define MAXN 100010
    using namespace std;
    int n,ans=0;
    int A[MAXN],B[MAXN],dp[MAXN],bit[MAXN],id[MAXN][7];
    inline int read(){
    	int date=0,w=1;char c=0;
    	while(c<'0'||c>'9'){if(c=='-')w=-1;c=getchar();}
    	while(c>='0'&&c<='9'){date=date*10+c-'0';c=getchar();}
    	return date*w;
    }
    inline int lowbit(int x){return x&(-x);}
    inline void add(int x,int v){for(;x<=n;x+=lowbit(x))bit[x]=max(bit[x],v);}
    inline int sum(int x){int s=0;for(;x;x-=lowbit(x))s=max(s,bit[x]);return s;}
    void work(){
    	for(int i=1;i<=n;i++)for(int j=5;j>=1;j--){
    		dp[i]=sum(id[A[i]][j]-1)+1;
    		add(id[A[i]][j],dp[i]);
    		ans=max(ans,dp[i]);
    	}
    	printf("%d
    ",ans);
    }
    void init(){
    	n=read();
    	n*=5;
    	for(int i=1;i<=n;i++)A[i]=read();
    	for(int i=1;i<=n;i++){
    		B[i]=read();
    		id[B[i]][++id[B[i]][0]]=i;
    	}
    }	
    int main(){
    	init();
    	work();
    	return 0;
    }
    
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/Yangrui-Blog/p/9937022.html
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