.NET Framework的核心是其运行库的执行环境 公共语言运行库（CLR）。
在CLR的控制下运行的代码称为托管代码。
在CLR执行开发的源代码之前，需要编译它们。
编译分为2个阶段：
(1)把源代码编译为中间语言（IL）
(2)CLR把IL编译为平台专用的代码
NET平台中代码的物理单元是可移植可执行程序（protable executable，PE）格式，编译程序和库时，和平常一样生成EXE与DLL文件，但在.NET框架下，任何可执行程序项目都链接到公共语言运行库，并由它代理编译和执行。
.NET中程序编译的最主要部分是汇编（assembly），汇编包括一个manifest，它是一组元数据，标识汇编向其他应用程序提供的文件和类型；manifest还可以包含强名称（strong name）、组合汇编名、版本信息和可选文化信息。在使用强名称的汇编中，元数据包含一个公用密钥签名，公共语言运行库用其验证汇编自编译之后是否发生改变。
汇编还可以包括数字签名，例如用验证码（authenticode certificate）验证代码源，以解决在公共语言运行库保证汇编签名的真实性问题。
汇编分为专用汇编和共享汇编。专用汇编只在安装这个汇编的应用程序中使用，而共享汇编则安装在全局汇编缓冲区（global assembly cache，GAC）中，全局汇编缓冲区用汇编的引用计数和版本信息管理库，包括框架的基类库（base class library，BCL），并通过公共语言运行库避免因库的版本冲突而形成DLL Hell的情形。
选择专用汇编和共享汇编是一个重要决策。将汇编安装到全局缓冲区后，就可以在多个应用程序中使用汇编的一个备份，但是还需要用Windows Installer之类的安装程序将应用程序安装到计算机上。如果使用专用汇编，则得到Microsoft所谓的"XCOPY部署"，这样用户可以将应用程序复制到目标计算机上，方便地进行安装。
