有时需要在Windows下运行Gromacs，作为一个开源分子动力学模拟（MD）软件，它最好的运行环境当然是Linux，可惜条件不具备。
习惯了Linux下智能的命令提示符，再使用Windows下的CMD感觉好难过，开始寻找CMD的代替品，开始找到一个Console2，但是对中文的支持不太好，于是放弃了，再后来找到了PowerCmd，感觉非常不错。它与CMD的关系，就好像Gnome Terminal 或Kconsola与终端的关系一样，是CMD的一个Wrapper。
为了方便运行Gromacs，在PowerCmd下建立了一个快捷方式，可以直接运行Gromacs目录下的RUN.bat设置环境变量。结果发现使用默认的set_env.bat无法正确设置，它原本的命令是：
cmd /k %cd%\set_env.bat
运行时总是提醒找不到set_env.bat。后来建立了一个文件进行测试，原来 %cd%代表的是cmd当前目录而不是文件目录，将其改变%~dp0set_env.bat就行了。
%~dp0代表文件当前目录，而且不用再带/号了。
在命令提示符中运行快捷方式的话，需要加上start命令。
建立快捷方式时，最好不设定启始位置。否则在Cmd下运行快捷方式建立文件时，会从启始位置开始的。
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在PowerCmd下无法正确处理Python环境，在网上找到了Console2 中文修改版 使用起来感觉比PowerCmd更加舒服，使用前需要手动修改一下console2.xml配置文件。
还找到了一个ComEMU ，最新版已经解决了中文乱码的毛病，而且有Quake console功能，非常方便。现在开始使用它作为windows下的Cmd代替品。
在设置使用Gromacs时，运行方法是：
cmd /k Title Gromacs&"c:\gromacs\RUN.bat" -cur_console:d:C:\