在MySQL数据库中，如果不指定innodb_file_per_table参数，单独存在每个表的数据，MySQL的数据都会存放在ibdata1文件。
mysql ibdata1存放数据，索引等，是MYSQL的最主要的数据。
步骤：
1，备份数据库
从命令行进入MySQL Server 5.1/bin
备份全部数据库，执行命令mysqldump -q -uusername -pyourpassword --add-drop-table --all-databases > /backup/all.sql
除数据库
drop database db1;
drop database db2;
此处不删除应用数据库，在全库恢复数据库时，就会报异常错误，一些表的*.ibd会报不存在。
解决方式：
movo db1 /backup/db1_bak
movo db2 /backup/db2_bak
做完此步后，然后停止数据库。
2，修改mysql配置文件
修改my.cnf文件，增加下面配置
innodb_file_per_table
对每张表使用单独的innoDB文件, 修改/etc/my.cnf文件
3，删除原数据文件
删除原来的ibdata1文件及日志文件ib_logfile*，删除data目录下的应用数据库文件夹(mysql,test,information_schema数据库本身文件夹不要删除)
4，还原数据库
启动数据库服务
从命令行进入MySQL Server 5.1/bin
还原全部数据库，执行命令mysql -uusername -pyourpassword < /all.sql
大公告成。
经过以上几步后，可以看到新的ibdata1文件就只有几十M了，数据及索引都变成了针对单个表的小ibd文件了，它们在相应数据库的文件夹下面。