会议论文基本上是还没完成的，在会议上发表论文的用意是让他人知道你的研究并取得他们的反馈，所以一般来说，作者收到这些意见后会在论文做适当的修改，因此在投稿给期刊的时候，论文的质量相较于在会议中呈现的已经有所提高，内容也更为详尽。一般的做法是在会议上呈现初步分析，然后将详细的分析放在完整的论文里。
至于修改的程度与本质，一般会建议修改论文题目，如此才不会将会议论文与期刊论文搞混。此外，请根据会议评审过程还有在会议中收到的反馈改善论文。会议论文一般包含初步研究结果，所以在期刊论文中可以加上新的结果。修改的的百分比程度可能根据领域还有期刊有所不同，但我认为至少要有30%，通常对于已在会议发表过的期刊论文的投稿要求会在给作者的投稿须知中说明，你可以查看目标期刊的信息然后根据规定修改。