MR框架是由一个单独运行在主节点上的JobTracker和运行在每个集群从节点上的TaskTracker共同组成。主节点负责调度构成一个作业的所有任务，这些任务分布在不同的不同的从节点上。主节点监视它们的执行情况，并重新执行之前失败的任务。从节点仅负责由主节点指派的任务。当一个Job被提交时，JobTracker接受到提交作业和配置信息之后，就会将配置信息等分发给从节点，同时调度任务并监控TaskTracker的执行。JobTracker可以运行于集群中的任意一台计算机上。TaskTracker负责执行任务，它必须运行在DataNode上，DataNode既是数据存储节点，也是计算节点。JobTracker将map任务和reduce任务分发给空闲的TaskTracker，这些任务并行运行，并监控任务运行的情况。如果JobTracker出了故障，JobTracker会把任务转交给另一个空闲的TaskTracker重新运行。
Hadoop上的并行应用程序开发是基于MR编程框架。MR编程模型原理：利用一个输入的key-value对集合来产生一个输出的key-value对集合。MR库通过Map和Reduce两个函数来实现这个框架。用户自定义的map函数接受一个输入的key-value对，然后产生一个中间的key-value对的集合。MR把所有具有相同的key值的value结合在一起，然后传递个reduce函数。Reduce函数接受key和相关的value结合，reduce函数合并这些value值，形成一个较小的value集合。通常我们通过一个迭代器把中间的value值提供给reduce函数（迭代器的作用就是收集这些value值），这样就可以处理无法全部放在内存中的大量的value值集合了。
流程简而言之，大数据集被分成众多小的数据集块，若干个数据集被分在集群中的一个节点进行处理并产生中间结果。单节点上的任务，map函数一行行读取数据获得数据的（k1,v1），数据进入缓存，通过map函数执行map（基于key-value）排序（框架会对map的输出进行排序）执行后输入（k2,v2）。每一台机器都执行同样的操作。不同机器上的（k2,v2）通过merge排序的过程（shuffle的过程可以理解成reduce前的一个过程），最后reduce合并得到，（k3,v3），输出到HDFS文件中。
谈到reduce，在reduce之前，可以先对中间数据进行数据合并（Combine），即将中间有相同的key的<key,value>对合并。Combine的过程与reduce的过程类似，但Combine是作为map任务的一部分，在执行完map函数后仅接着执行。Combine能减少中间结果key-value对的数目，从而降低网络流量。
Map任务的中间结果在做完Combine和Partition后，以文件的形式存于本地磁盘上。中间结果文件的位置会通知主控JobTracker，JobTracker再通知reduce任务到哪一个DataNode上去取中间结果。所有的map任务产生的中间结果均按其key值按hash函数划分成R份，R个reduce任务各自负责一段key区间。每个reduce需要向许多个map任务节点取的落在其负责的key区间内的中间结果，然后执行reduce函数，最后形成一个最终结果。有R个reduce任务，就会有R个最终结果，很多情况下这R个最终结果并不需要合并成一个最终结果，因为这R个最终结果可以作为另一个计算任务的输入，开始另一个并行计算任务。这就形成了上面图中多个输出数据片段（HDFS副本）。
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