1.安装Unity3D安装包内置的MonoDevelop，MonoDevelop官方下载的版本是没有Unity3D 的调试插件的。
2.打开Unity ，选择Edit –> Preference ，设置外部编辑器为MonoDevelop 。
3.运行MonoDevelop(如果MonoDevelop不能运行，则需要安装 .Net 3.5 )，选择菜单(Tools –> Preference) 打开选项设置窗口，在左边的导航窗口的最后一个节点(Unity –> Debugger)，在右边设置Editor Location为正确的位置(即Unity.exe执行文件Path)，然后勾选Launch Unity Automatically和Build Project in MonoDevelop ，按OK按钮保存。
4.在Unity Editor的Project窗口点击鼠标右键，在弹出菜单中选择Sync MonoDevelop Project(或者选择菜单栏中的Assets -> Sync MonoDevelop Project)，将自动运行MonoDevelop并打开对应的项目。
5.在MonoDevelop中编程、为源代码设置断点(F9)，关闭Unity Editor，击调试按钮(F5)开始调试，在自动打开的Unity Editor中点击Play按钮，断点就开始起作用了。
6.MonoDevelop的调试需要完成本帧所有调试才能返回给Unity，即调试中途Unity Scene的信息将不会更新。