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  • 机器学习-Deconvolution在生物信息学中的应用(对血液以及淋巴细胞进行亚群的预测和分类)

    生物医学中常见的问题: 

    how we know the tissue specific cell type?

    how we know the exactly cell type from a bunch of bulk data?

    basic analysis flow:

    the basic principle:

     

    the specific steps:

     

    some key words:

    NGS Next-generation sequencing

    二代测序
    NMF Non-negative matrix factorization

    非负矩阵因子分解

    NNML Non-negative maximum likelihood 

    非负矩阵因子相似性

    RMSE Root-mean-square error

    标准误

    ES Enrichment score

    富集分数
    GSEA Gene set enrichment analysis

    基因集的富集分析

    ssGSEA Single-sample gene set enrichment analysis 

    单样本的基因集的富集分析

    SVR Support vector regression

    支持向量回归

    LDA Latent Dirichlet allocation

    中文叫做文档主题生成模型,主要在机器学习中用来生成和分析大规模文档集(document collection)或语料库(corpus)中潜藏的主题信息。

     一篇review中所涉及的在生物信息领域分类或者预测细胞亚型的软件和代码,分析方法;

     

    The Prediction of MCP counter method: 

    我们可以看出颜色为多的就是预测准确的比例,大部分的celltype都有比较完整色域,可推测比较准确的预测性能;

    但是还需更多的测试,因为很多软件都是因为细胞类型或者是marker基因matrix过少而显得比较有局限性

    总结:掌握好deconvolution的机器学习底层方法和原理,及其在不同情况下的使用策略。

    只有好好的理解了才能更好的用这些tools来分析自己的数据,同时找准一个媒介来实现它(no matter R or python) 

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/beckygogogo/p/9849322.html
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