简单点来说：
共享表空间：指的是数据库的所有的表数据，索引文件全部放在一个文件中，默认这个共享表空间的文件路径在 data 目录下。
独立表空间：每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储。 共享表空间和独立表空间最大的区别是如果把表放再共享表空间，即使表删除了空间也不会删除，所以表依然很大，而独立表空间如果删除表就会清除空间。
下面详细解答一下：
对于innodb的数据存储文件，首先要解决两个概念性的问题: 共享表空间以及独占表空间。(innodb引擎与MYISAM引擎的区别很大。特别是它的数据存储方式等.
1、共享表空间和独占表空间介绍
共享表空间以及独占表空间都是针对数据的存储方式而言的。
共享表空间: 每一个数据库的所有的表数据，索引文件全部放在一个文件中，默认这个共享表空间的文件路径在data目录下。 默认的文件名为:ibdata1 初始化为10M。
独占表空间: 每一个表都将会生成以独立的文件方式来进行存储，每一个表都有一个.frm表描述文件，还有一个.ibd文件(这个文件包括了单独一个表的数据内容以及索引内容)。
2、共享表空间和独占表空间的区别
共享表空间：
优点：
1）可以放表空间分成多个文件存放到各个磁盘上（表空间文件大小不受表大小的限制，如一个表可以分布在不同的文件上）。
所以其大小限制不再是文件大小的限制，而是其自身的限制。从Innodb的官方文档中可以看到，其表空间的最大限制为64TB，也就是说，Innodb的单表限制基本上也在64TB左右了，当然这个大小是包括这个表的所有索引等其他相关数据。
2）表数据和表描述放在一起方便管理。
缺点：
1）所有的数据和索引存放到一个文件中，将有一个很常大的文件，虽然可以把一个大文件分成多个小文件，但是多个表及索引在表空间中混合存储，这样对于一个表做了大量删除操作后表空间中将会有大量的空隙，特别是对于统计分析，日志系统这类应用最不适合用共享表空间。
独立表空间（在配置文件（my.cnf）中设置innodb_file_per_table=1）：
优点：
1）每个表都有自已独立的表空间。
2）每个表的数据和索引都会存在自已的表空间中。
3）可以实现单表在不同的数据库中移动。
4）空间可以回收。
对于使用独立表空间的表，不管怎么删除，表空间的碎片不会太严重的影响性能，而且还有机会处理（表空不能自已回收）,处理方式如下：
Drop table操作自动回收表空间
如果对于统计分析或是日志表，删除大量数据后可以通过:alter table TableName engine=innodb;回缩不用的空间
对于使innodb-plugin的Innodb使用turncate table也会使空间收缩
5）使用独占表空间的效率以及性能会更高一点。
缺点：
1）单表增加过大，如超过100个G：
当使用独享表空间来存放Innodb的表的时候，每个表的数据以一个单独的文件来存放，这个时候的单表限制，又变成文件系统的大小限制了。
3、共享表空间以及独占表空间之间的转化
修改独占空表空间配置，以下几个参数必须在一起加入
innodb_data_home_dir = "/usr/local/mysql/var/" 数据库文件所存放的目录
innodb_log_group_home_dir = "/usr/local/mysql/var" 日志存放目录
innodb_data_file_path=ibdata1:10M:autoextend 设置配置一个可扩展大小的尺寸为10MB的单独文件（共享数据文件），名为ibdata1。没有给出文件的位置，所以默认的是在MySQL的数据目录内（如 /db/mysql/ibdata1）。
innodb_file_per_table=1 是否使用共享以及独占表空间（1 为使用独占表空间，0 为使用共享表空间）
innodb_file_per_table 通过这个参数来实现的转化，如果为OFF说明所使用的是共享表空间【默认情况下，所使用的表空间为共享表空间】
innodb_file_per_table值来进行修改即可，但是对于之前使用过的共享表空间则不会影响，除非手动的去进行修改
注意：
InnoDB不创建目录，所以在启动服务器之前请确认”所配置的路径目录”的确存在。做数据的移植以及备份时，要注意数据文件的完整性.