1. 方法一：.sof和.elf全部保存在FPGA内，程序加载和运行也是在FPGA内部。
把FPGA的配置文件.sof通过JTAG方式下载(其实是在线运行)进入FPGA本身，此时在NIOS II的界面中，点击“RUN”—“Run As Hardware”可实现在线运行。此时在SOPC配置时，需要有片内mem_rom和mem_ram，程序的复位向量为mem_rom，偏移0x00；异常向量为mem_ram，偏移0x20。断电后无法运行。
2. 方法二：.pof保存在EPCS4,.elf保存在FPGA内部，加载从EPCS4，运行在FPGA内部。
和方法一差不多，只是把FPGA的配置文件.pof以AS的方式下载到EPCS4中，而软件文件也是通过JTAG方式下载入FPGA中，断电也无法运行。CPU内部的两个配置是mem_rom和mem_ram。
3. 方法三：将.sof文件和.elf保存在EPCS4，加载从EPCS4，运行在FPGA内部。
先将.sof文件通过JTAG下载进入FPGA,然后通过NIOS II的flash programmer以JTAG方式把.sof和.elf文件下载入EPCS4，此时CPU的Reset Vector为EPCS,偏移0x00，Exception Vector为mem_ram，偏移为0x20。断电后仍能正常运行。
4. 方法四：将.sof文件和.elf保存在EPCS4，加载从EPCS4，运行在SDRAM中。
具体的下载方法同方法3相同，只是设置的过程有所不同。
需要在SOPC中添加SDRAM Controller，由于在开发板中只连接了8根数据线，所以SDRAM的宽度应该设置为8位。而且在顶层例化的时候不需要设置数据屏蔽字（每bit屏蔽一个Byte）。而且在SOPC中还需要例化一个PLL。使SDRAM的时钟为100M。而且对PLL的输出时钟C2需要进行相位调整。在CPU中设置异常向量为sdram。