bwa,即Burrows-Wheeler-Alignment Tool
用法:
在进行 reads 的比对前,需要对 fasta 文件构建 FM-index。
BWA命令中可以分别调用这三个算法,如:aln/samse/sampe for BWA-backtrack
BWA-bactrack: 用于进行 Illumina reads 的比对。reads 的长度最大为 100bp。
参考来源:
http://www.chenlianfu.com/?p=2103
http://www.bioinfo-scrounger.com/archives/181