canu延续了celera Assembler
工具的组装原理,采用Overlap-Layout-Consensus
,也就是利用序列与序列之间的交叠进行组装。
第一步: 纠错(correct)
覆盖倍数越多,越能提供更多可靠的信息,对应修正碱基越有利
第二步: 修剪(trim)
移除低质量碱基。
第三步:组装(assemble)
调整错误率 correctedErrorRate : 两个read交叠部分的差异程度的忍受程度,降低此值可以减少运行时间,如果覆盖率高的话,建议降低这个值
参考来源: