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  • Cuffmerge

    Cuffmerge的使用

    1. Cuffmerge简介

    Cuffmerge将各个Cufflinks生成的transcripts.gtf文件融合称为一个更加全面的transcripts注释结果文件merged.gtf。以利于用Cuffdiff来分析基因差异表达。

    2. 使用方法

    $ cuffmerge [options]* <assembly_GTF_list.txt> 输入文件为一个文本文件,是包含着GTF文件路径的list

    常用例子: $ cuffmerge -o ./merged_asm -p 8 assembly_list.txt

    3. 使用参数

    -h | --help -o <output_dir> default: ./merged_asm 将结果输出至该文件夹。

    -g | --ref-gtf 将该reference GTF一起融合到最终结果中。

    -p | --num-threads <int> defautl: 1 使用的CPU线程数

    -s | --ref-sequence <seq_dir>/<seq_fastq> 该参数指向基因组DNA序列。如果是一个文件夹,则每个contig则是一个fasta文件;如果是 一个fasta文件,则所有的contigs都需要在里面。Cuffmerge将使用该ref-sequence来 帮助对transfrags分类,并排除repeats。比如transcripts包含一些小写碱基的将归类 到repeats.

    4. Cuffmerge输出结果 输出的结果文件默认为 <output_dir>/merged.gtf

    来源:

    http://www.chenlianfu.com/?tag=cufflinks

     

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/bio-mary/p/13260079.html
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