VACUUM 命令通过复制主数据库中的内容到一个临时数据库文件，然后清空主数据库，并从副本中重新载入原始的数据库文件。这消除了空闲页，把表中的数据排列为连续的，另外会清理数据库文件结构。
如果表中没有明确的整型主键（INTEGER PRIMARY KEY），VACUUM 命令可能会改变表中条目的行 ID（ROWID）。VACUUM 命令只适用于主数据库，附加的数据库文件是不可能使用 VACUUM 命令。
如果有一个活动的事务，VACUUM 命令就会失败。VACUUM 命令是一个用于内存数据库的任何操作。由于 VACUUM 命令从头开始重新创建数据库文件，所以 VACUUM 也可以用于修改许多数据库特定的配置参数。
手动 VACUUM
下面是在命令提示符中对整个数据库发出 VACUUM 命令的语法：
$sqlite3 database_name "VACUUM;"
您也可以在 SQLite 提示符中运行 VACUUM，如下所示：
sqlite> VACUUM;
您也可以在特定的表上运行 VACUUM，如下所示：
sqlite> VACUUM table_name;
自动 VACCUM（Auto-VACUUM）
SQLite 的 Auto-VACUUM 与 VACUUM 不大一样，它只是把空闲页移到数据库末尾，从而减小数据库大小。通过这样做，它可以明显地把数据库碎片化，而 VACUUM 则是反碎片化。所以 Auto-VACUUM 只会让数据库更小。
在 SQLite 提示符中，您可以通过下面的编译运行，启用/禁用 SQLite 的 Auto-VACUUM：
sqlite> PRAGMA auto_vacuum = NONE; -- 0 means disable auto vacuum
sqlite> PRAGMA auto_vacuum = INCREMENTAL; -- 1 means enable incremental vacuum
sqlite> PRAGMA auto_vacuum = FULL; -- 2 means enable full auto vacuum
您可以从命令提示符中运行下面的命令来检查 auto-vacuum 设置：
$sqlite3 database_name "PRAGMA auto_vacuum;"
在数据库中删除了很多数据，但数据库文件没有变小，是Bug吗？
不是。当你从SQLite数据库中删除数据时， 未用的磁盘空间将会加入一个内部的“自由列表”中。 当你下次插入数据时，这部分空间可以重用。磁盘空间不会丢失， 但也不会返还给操作系统。
如果删除了大量数据，而又想缩小数据库文件占用的空间，执行 VACUUM 命令。 VACUUM 将会从头重新组织数据库。这将会使用数据库有一个空的“自由链表”， 数据库文件也会最小。但要注意的是，VACUUM 的执行会需要一些时间 （在SQLite开发时，在Linux上，大约每M字节需要半秒种），并且， 执行过程中需要原数据库文件至多两倍的临时磁盘空间。