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  • plink修改正负链(--flip, change the positive and negative stand)

    修改正负链用到的参数为--flip

    假定trial.bim的内容如下:

    trial.bim
    1 rs142578063 0 732746 G A
    1 rs144022023 0 732801 G A
    1 rs12131618 0 732809 C T
    1 rs369225293 0 732909 A G
    1 rs373491075 0 732935 C G
    1 rs369030935 0 732989 T C
    1 rs4951860 0 733013 C T
    1 rs367917297 0 733429 T G
    1 rs376492866 0 733895 G A

    现在要把修改rs142578063、rs367917297这两个位点的正负链;即rs142578063的G变为C, A变为T,rs367917297的T 变为A, G变为 C, 则需要用到以下命令
    /software/plink --bfile trial --flip test.missnp --make-bed --out test

    其中,test.missnp的内容如下:

    test.missnp
    rs142578063
    rs367917297

    修改后的结果如下:

    test.bim
    1 rs142578063 0 732746 C T
    1 rs144022023 0 732801 G A
    1 rs12131618 0 732809 C T
    1 rs369225293 0 732909 A G
    1 rs373491075 0 732935 C G
    1 rs369030935 0 732989 T C
    1 rs4951860 0 733013 C T
    1 rs367917297 0 733429 A C
    1 rs376492866 0 733895 G A

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/10898250.html
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