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  • 使用QTLtools计算QTL时报错:gsl: simplex2.c:372: ERROR: non-finite function value encountered

    跑以下命令时报错:
    QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt

    其中,纳入的协变量有5个表型PC,5个基因型PC,性别,年龄,群体;

    经测试,去掉群体的协变量以后,就可以正常工作了。

    加上--exclude-covariates file.exc参数即可去掉协变量:

    QTLtools cis --vcf file.vcf.gz --bed file.bed.gz --cov covariate.txt --permute 10000 --grp-best --window 100000 --out permutations.txt --exclude-covariates file.exc

    file.exc文件如下所示(RACE 表示群体):

    如果是去掉SEX,AGE,RACE协变量,则file.exc文件改为如下所示:

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/15137937.html
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