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  • haploview出现“more than two alleles”的解决方法

    弹出“more than two alleles”的错误是因为ped文件中一个SNP位点上存在两个以上的等位基因,haploview连锁分析时默认为只有两个等位基因,因此我们要去掉超过两位等位基因的SNP才能做连锁分析。

    解决方案一:针对vcf格式的文件;

    用到命令:--min-alleles 2 --max-alleles 2

    先在linux上下载安装vcftools软件,下载地址“https://vcftools.github.io/man_latest.html”

    具体命令如下 :

    /vcftools --gzvcf  your.vcf.gz --remove-indels --recode --recode-INFO-all --out yourvcf_snps
    /vcftools --vcf /to/your/pathway/yourvcf_snps.vcf --min-alleles 2 --max-alleles 2 --plink --out /to/your/pathway/file
    

      

    “/vcftools”指vcftools软件在终端上的路径

    “file”是指你想保存的文件名字。

    VCFtools的所有命令见此网页:https://vcftools.github.io/man_latest.html

    解决方案二:如果原始文件是plink格式,也可以用以下格式修改:

    /software/plink --noweb --file filetext --snps-only --recode --out filetext_snponly
    

      

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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/chenwenyan/p/5855278.html
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