GCTA(全基因组复杂性状分析)工具开发目的是针对复杂性状的全基因组关联分析，评估SNP解释的表型方差所占的比例(该网站地址：http://cnsgenomics.com/software/gcta/)。目前GCTA工具可实现以下功能：
1 评估全基因组SNP的亲缘关系（遗传关系）
2 评估全基因组SNP的近交系数
3 评估所有的常染色体SNP对于变异的解释度
4 评估遗传方差与X-染色体的关联
5 检测遗传方差对X-染色体的剂量补偿效应
6 预测单个个体和单个SNP的全基因组加性遗传效应
7 估计包含LD结构的目标SNP
8 根据观察到的基因型数据模拟GWAS数据
9 转化Illumina原始基因型数据为PLINK格式
10 在没有个体层面的基因型数据下，条件与联合分析GWAS的概括统计量
11 使用SNP数据估计两个特性（疾病）的遗传相关性
12 混合线性模型关联分析