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  • linux提取指定列字符并打印所有内容(awk)

    假设有文件长如下样子:

    CHROM  POS     ID      REF     ALT     QUAL    FILTER  INFO    FORMAT  samplename

    1 3552841 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    1 3552842 . T . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    2 3552843 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    2 3552844 . T . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    3 3552845 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    3 3552846 . C . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    4 3552847 . A . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    5 3552848 . C . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    6 3552849 . A . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    7 3552850 . C . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    现提取第一列字符为“3”,并打印出符合第一列为“3”的所有列,同时保存,则可以用以下命令:

    awk -F " " '{if($1~/^3/) print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9,$10}' sample.vcf > samplecol.vcf  #{if($1~/^3/) print $1,$2,$3,$4,$5,$6,$7,$8,$9,$10}' 的意思是,在文件sample.vcf中,如果第一列($1)里面有匹配(~)正则表达式(/^3/)的话,那么就输出(print)到标准输出。保存到samplecol.vcf文件中。

    输出的文件如下:

    3 3552845 . G . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

    3 3552846 . C . 32.995 . DP=1;MQ0F=0;AF1=0;AC1=0;DP4=1,0,0,0;MQ=40;FQ=-29.9912 GT:PL:DP 0/0:0:1

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