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  • 解决invalid record found in VCF4 file (at least 8 tab-delimited fields expected)问题,批量修改空格改为制表格格式

    出现这种问题说明一般存在两个问题:

    第一,vcf文件不足8个分割制表符,比如像如下文件:

    为了解决这个问题,说明在做snp filter时候,需要提取至少8个制表符的字符串,比如,像如下文件所示:

    第二个问题:字符串之间是非制表符分隔的,比如下图:

    显然,上图字符串之间的间隔只有一个空格,因此需要将空格改为制表符格式,可以用以下脚本修改:

    perl -alne '{print "$F[0]	$F[1]	$F[2]	$F[3]	$F[4]	$F[5]	$F[6]	$F[7]	$F[8]	$F[9]"}' inputfile >outputfile
    

      对于多个文件,可用以下循环命令:

    for i in *.inputfile
    do
    echo $i
    perl -alne '{print "$F[0]	$F[1]	$F[2]	$F[3]	$F[4]	$F[5]	$F[6]	$F[7]	$F[8]	$F[9]"}' $i >${i%%.*}.outputfile
    done
    

      最后,转化的效果如下:

    从上图可以 看出,字符串之间的间隔拉大了,即已经变为制表格格式。

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