MySQL5.5默认存储引擎的调整
在MySQL5.1.X之前的版本中，默认的存储引擎是MyISAM，每个MyISAM在磁盘上会将数据存储成三个文件。第一个文件是表结构文件，它的名字以表的名字开始，其扩展名会指出文件类型，为.frm文件存储表定义；第二个文件是数据文件，其扩展名为.MYD (MYData)；第三个文件是索引文件，其扩展名是.MYI (MYIndex)。
MyISAM存储引擎的特点是表级锁、不支持事务和全文索引，适合一些CMS内容管理系统作为后台数据库使用，但是在大并发、重负荷生产系统上，表锁的特性显得有些力不从心，并且如果系统出现宕机、MySQLd进程崩溃，MyISAM引擎表很容易受到损坏，这时不得不用外部命令MyISAMchk去修复它。
从MySQL5.5.X开始，默认的存储引擎变更为InnoDB Plugin引擎。
InnoDB给MySQL提供了具有提交、回滚和崩溃恢复能力的事务安全（ACID兼容）存储引擎。InnoDB锁定在行级，并且也在SELECT语句提供一个与Oracle风格一致的非锁定读。这些特色增加了多用户部署和性能。之所以没有在InnoDB中扩大锁定的需要，是因为InnoDB中的行级锁定适合非常小的空间。InnoDB也支持FOREIGN KEY（外键）。在SQL查询中，你可以自由地将InnoDB类型的表与其他MySQL表的类型混合起来，甚至在同一个查询中也可以混合。
InnoDB是为处理巨大数据量时拥有最大性能而设计的。它的CPU效率可能是任何其他基于磁盘的关系数据库引擎所不能匹敌的。
InnoDB存储引擎被完全整合到了MySQL服务器中，不过，为了能在主内存中缓存数据和索引，InnoDB存储引擎会维持它自己的缓冲池。InnoDB会在一个表空间中存储它的表和索引，表空间可以包含数个文件（或原始磁盘分区）。这与MyISAM表不同，在MyISAM表中，每个表是被存在分离的文件中的。另外，InnoDB 表可以是任何尺寸，即使是在文件尺寸被限制为2 GB的操作系统上。
InnoDB存储引擎应用在众多高压力、高并发的大型数据库站点上。比如，著名的Internet新闻站点Slashdot.org运行在InnoDB上。Mytrix, Inc.在InnoDB上存储着超过1TB的数据，还有一些其他站点在InnoDB上处理平均每秒800次插入/更新的负荷。