我们在用 ssh-keygen 生成密钥时，通常会面临是使用RSA还是DSA的选择：RSA or DSA, this is a question!
原理与安全性
RSA 与 DSA 都是非对称加密算法。其中RSA的安全性是基于极其困难的大整数的分解（两个素数的乘积）；DSA 的安全性是基于整数有限域离散对数难题。基本上可以认为相同密钥长度的 RSA 算法与 DSA 算法安全性相当。
有点要注意，RSA 的安全性依赖于大数分解，但是否等同于大数分解一直未能得到理论上的证明，因为没有证明破解 RSA 就一定需要作大数分解。不过也不必太过担心，RSA 从诞生以来，经历了各种攻击，至今未被完全攻破（依靠暴力破解，小于1024位密钥长度的 RSA 有被攻破的记录，但未从算法上被攻破）。
用途：
DSA 只能用于数字签名，而无法用于加密（某些扩展可以支持加密）；RSA 即可作为数字签名，也可以作为加密算法。不过作为加密使用的 RSA 有着随密钥长度增加，性能急剧下降的问题。
性能：
相同密钥长度下，DSA 做签名时速度更快，但做签名验证时速度较慢，一般情况验证签名的次数多于签名的次数。
相同密钥长度下，DSA （在扩展支持下）解密密文更快，而加密更慢；RSA 正好反过来，一般来说解密次数多于加密次数。不过由于非对称加密算法的先天性能问题，两者都不是加密的好选择。
业界支持：
在业界支持方面，RSA 显然是赢家。RSA 具有更为广泛的部署与支持。
使用 ssh-keygen 时的选择：
上面说了那么多，可以看到RSA 与 DSA 各有优缺点。回到开头的问题，在使用 ssh-keygen 时，RSA 与 DSA到底选哪个？ 比较有意思的是，这个问题最终答案与上面那些优缺点无关。虽然理论上可以生成更长长度的 DSA 密钥 （NIST FIPS 186-3），但ssh-keygen在生成 DSA 密钥时，其长度只能为1024位（基于NIST FIPS 186-2）；而 ssh-keygen 在 RSA 的密钥长度上没有限制。
由于小于1024位密钥长度的 RSA 已经有被攻破的记录，所以说现在：RSA 2048 位密钥是更好的选择。
其它选择：
RSA 与 DSA 各有优缺点，那有没一个更好的选择呢？答案是肯定的，ECC（Elliptic Curves Cryptography）：椭圆曲线算法。
ECC 与 RSA 相比，有以下的优点：
（1）相同密钥长度下，安全性能更高，如160位ECC已经与1024位RSA、DSA有相同的安全强度。
（2）计算量小，处理速度快，在私钥的处理速度上（解密和签名），ECC远 比RSA、DSA快得多。
（3）存储空间占用小 ECC的密钥尺寸和系统参数与RSA、DSA相比要小得多， 所以占用的存储空间小得多。
（4）带宽要求低使得ECC具有广泛得应用前景。
在 ssh-keygen 中，ECC 算法的相应参数是 “-t ecdsa”。可惜的是由于椭圆曲线算法只有在较新版本的 openssl 与 ssh-keygen 中才被支持，而无法得到普遍使用而去完全替代 RSA/DSA。不过由于椭圆曲线算法的优点，使其取代 RSA/DSA 而成为新一代通用的非对称加密算法成为可能，至少 SET 协议的制定者们已经把它作为下一代 SET 协议中缺省的公钥密码算法了。