上文中以User实体类和Role实体类为例，构建了User-Role的多对一关系，本文中，仍以该框架，配置User与Role的多对多关系，以记录二者的不同。
上文提到，一对多关系的配置既可以通过OnModelConfiguration方法的重写进行配置，也可直接在实体类中定义进行配置，而在多对多关系的配置中，实体类定义的方法便不再可用。原因很简单，多对多关系的定义对数据库产生的变化并非在表内部，而在于新增一个映射关系表(eg:UserRole)，在新增的表内以组合主键的形式记录两个实体之间的多对多关联。因此只能在Configuration文件中进行定义多对多关联。
一、默认配置下的定义方式
默认配置即是指既不定义新增映射表的名称，也不定义该表内字段名，只定义多对多关系，完全由EF自动生成新增表的所有定义。这种配置方式只需要在Configuration中使用HasMany等语句即可。
如图所示，最后一行语句即为多对多关系的定义。也可在Role表中使用同样的方式进行关系的配置。
以此种方式生成的关系表，将以HasMany方法中所指向的实体名在前，WithMany方法指向的实体名在后的形式生成表名，以图示为例，则将生成映射关系表RoleUsers，其中Role_ID列在左，User_ID列在右。
当自定义映射表名和字段时，语法如下图所示：
图中，.Map方法即是标识映射表的配置代码，.ToTable配置映射表名称，.MapLeftKey即表示User表的主键对应到映射表中的名称，而.MapRightKey则表示另一个实体类的主键对应到映射表中的字段名称。在哪个实体内定义，则该实体的主键对应映射表中的左边的列，因此在配置字段名映射关系时切忌顺序胡乱安置。若按下图配置，则会出现问题。
按此图所示，生成的映射表为UserRole表，左边列为UserId，右边列为RoleId，但在实际存储数据进行映射时，将出现如下情况：
即实体类中的RoleId被映射到UserRole表中的UserId列，实体类中的UserId反被映射到UserRole表中的RoleId列。因此配置的顺序要尤为注意。