Prefuse 从数据库中读取数据

Use prefuse with database

关键字: prefuse database

prefuse是一个非常不错的开源可视化项目，尤其是用在social network/complex network上，个人感觉要比jung好。不过可惜的是，prefuse的user manual还在建设中，并且google resource也少得可怜。好在开源提供了源码，只好看源码了，呵呵。

prefuse user manual上提供了一个简单的例子，这个例子的数据来自一个符合GraphML标准的xml文件（socialnet.xml），大致内容如下：

xml 代码

1. xml version="1.0" encoding="UTF-8"?>  
2.   
3. <graphml xmlns="http://graphml.graphdrawing.org/xmlns">  
4.   <graph edgedefault="undirected">  
5.     
6.       
7.     <key id="name" for="node" attr.name="name" attr.type="string"/>  
8.     <key id="gender" for="node" attr.name="gender" attr.type="string"/>  
9.      
10.          
11.     <node id="1">  
12.      <data key="name">Jeffdata>  
13.      <data key="gender">Mdata>  
14.      node>  
15.     <node id="2">  
16.      <data key="name">Eddata>  
17.      <data key="gender">Mdata>  
18.     node>  
19.     ...........................   
20.     <edge source="1" target="2">edge>  
21.     <edge source="1" target="3">edge>  
22.     ............................   
23.   graph>  
24. graphml>  

大致就是这个样子，程序也比较简单。但是不可能在想要可视化某个社群网络的时候，数据都来自xml，其实大部分还是来自数据库的。prefuse支持从数据库直接获取数据。不过它的user manual上没讲。只好自己探索。

先建立一个在mysql上测试数据库。一个代表节点，一个代表边。

sql 代码

1. DROP TABLE IF EXISTS `test`.`node`;   
2. CREATE TABLE  `test`.`node` (   
3.   `id` int(10) unsigned NOT NULL auto_increment,   
4.   `name` varchar(45) NOT NULL,   
5.   `gender` varchar(45) NOT NULL,   
6.   PRIMARY KEY  (`id`)   
7. ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;   
8.   
9. DROP TABLE IF EXISTS `test`.`edge`;   
10. CREATE TABLE  `test`.`edge` (   
11.   `id` int(10) unsigned NOT NULL auto_increment,   
12.   `sid` int(10) unsigned NOT NULL,   
13.   `tid` int(10) unsigned NOT NULL,   
14.   PRIMARY KEY  (`id`)   
15. ) ENGINE=InnoDB DEFAULT CHARSET=utf8;  

接下来随便在两个表中插入几条数据，需要注意的是edge表中，sid和tid一定要在node表中存在（即node表中有id与其对应），否则prefuse在读取时会抛出异常。

接下来是程序了：

java 代码

1. public class TestMysql {   
2.     public static final String driverName   = "com.mysql.jdbc.Driver";   
3.     public static final String dbURL        = "jdbc:mysql://localhost:3306/test";   
4.     public static final String userName     = "root";   
5.     public static final String userPwd      = "123456";   
6.        
7.     public static void main(String[] args) {   
8.         DatabaseDataSource datasrc = null;   
9.            
10.         try {   
11.             //get database connection   
12.             datasrc = ConnectionFactory.getDatabaseConnection(   
13.                     driverName, dbURL, userName, userPwd);   
14.                
15.             //create a table of data   
16.             Table nodes = datasrc.getData("select * from node");   
17.             Table edges = datasrc.getData("select * from edge");   
18.                
19.             Graph graph = new Graph(nodes, edges, false, "id", "sid", "tid");   
20.                
21.             Visualization vis = new Visualization();   
22.             vis.add("graph", graph);   
23.                
24.             LabelRenderer r = new LabelRenderer("name");   
25.             r.setRoundedCorner(8, 8);   
26.             vis.setRendererFactory(new DefaultRendererFactory(r));   
27.                
28.             int[] palette = new int[] {   
29.                     ColorLib.rgb(255,180,180), ColorLib.rgb(190,190,255)   
30.             };   
31.                
32.             DataColorAction fill = new DataColorAction("graph.nodes", "gender",   
33.                     Constants.NOMINAL, VisualItem.FILLCOLOR, palette);   
34.             ColorAction textColor = new ColorAction("graph.nodes",   
35.                     VisualItem.TEXTCOLOR, ColorLib.gray(0));   
36.             ColorAction edgesColor = new ColorAction("graph.edges",   
37.                     VisualItem.STROKECOLOR, ColorLib.gray(200));   
38.                
39.             ActionList color = new ActionList();   
40.             color.add(fill);   
41.             color.add(textColor);   
42.             color.add(edgesColor);   
43.                
44.             ActionList layout = new ActionList(Activity.INFINITY);   
45.             layout.add(new ForceDirectedLayout("graph"));   
46.             layout.add(new RepaintAction());   
47.                
48.             vis.putAction("color", color);   
49.             vis.putAction("layout", layout);   
50.                
51.             Display d = new Display(vis);   
52.             d.setSize(720, 500);   
53.             d.addControlListener(new DragControl());   
54.             d.addControlListener(new PanControl());   
55.             d.addControlListener(new ZoomControl());   
56.             d.addControlListener(new NeighborHighlightControl());   
57.                
58.             JFrame frame = new JFrame("haha");   
59.             frame.setDefaultCloseOperation(JFrame.EXIT_ON_CLOSE);   
60.             frame.setSize(800, 600);   
61.             frame.add(d);   
62.             frame.setVisible(true);   
63.                
64.             vis.run("color");   
65.             vis.run("layout");   
66.         } catch (Exception e) {   
67.             e.printStackTrace();   
68.         }   
69.     }  

第19行：生成一个graph对象，这是可视化的关键。graph对象可以有多种生成方式，光是从数据库生成（也可以说是从table生成，应为prefuse从数据库中取出的都封装成Table）就有好几个方式。不过推荐本例的生成方式，提供的信息越多越可以更精确的描述自己。参数意义分别是：节点的Table，边的Table，是否是有向（true有，false无），节点的主键，边中代表源的列名（与edge表中对应），边中代表目标的列名（与edge表中对应）。

其他的就没得说了，和user manual上差不多。个人认为prefuse的另外一个优点是final类比较少，也就是说可扩展性比较强。例如53-56行添加的动作（在prefuse.controls包），我们就可以随意生成自己的Control。