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  • python下对DICOM图像的读取研究

           DICOM3.0图像,由医学影像设备产生标准医学影像图像,DICOM被广泛应用于放射医疗,心血管成像以及放射诊疗诊断设备(X射线,CT,核磁共振,超声等),并且在眼科和牙科等其它医学领域得到越来越深入广泛的应用。在数以万计的在用医学成像设备中,DICOM是部署最为广泛的医疗信息标准之一。当前大约有百亿级符合DICOM标准的医学图像用于临床使用。

            看似神秘的图像文件,究竟是如何读取呢?网上随便 一搜,都有很多方法,但缺乏比较系统的使用方法,下文综合百度资料,结合python2.7,讲解如何读取及使用DICOM图像。

            读取DICOM图像,需要以下几个库:pydicom、CV2、numpy、matplotlib。pydicom专门处理dicom图像的python专用包,numpy高效处理科学计算的包,依据数据绘图的库。

            安装:

            

    1 pip install matplotlib
    1 pip install opencv-python  #opencv的安装,小度上基本都是要下载包,安装包后把包复制到某个文件夹下,
    #后来我在https://pypi.python.org/pypi/opencv-python找到这种pip的安装方法,亲测可用
    1 pip install pydicom
    1 pip install numpy

            如果没有记错,安装pydicom时,也会自动把numpy安装上。

            安装好这些库后,就可以对dicom文件操作。具体看下面代码:

     1 #-*-coding:utf-8-*-
     2 import cv2
     3 import numpy
     4 import dicom
     5 from matplotlib import pyplot as plt
     6 
     7 dcm = dicom.read_file("AT0001_100225002.DCM")
     8 dcm.image = dcm.pixel_array * dcm.RescaleSlope + dcm.RescaleIntercept
     9 
    10 slices = []
    11 slices.append(dcm)
    12 img = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
    13 ret,img = cv2.threshold(img, 90,3071, cv2.THRESH_BINARY)
    14 img = numpy.uint8(img)
    15 
    16 im2, contours, _ = cv2.findContours(img,cv2.RETR_LIST,cv2.CHAIN_APPROX_SIMPLE)
    17 mask = numpy.zeros(img.shape, numpy.uint8)
    18 for contour in contours:
    19     cv2.fillPoly(mask, [contour], 255)
    20 img[(mask > 0)] = 255
    21 
    22 
    23 kernel = cv2.getStructuringElement(cv2.MORPH_ELLIPSE,(2,2))
    24 img = cv2.morphologyEx(img, cv2.MORPH_OPEN, kernel)
    25 
    26 
    27 img2 = slices[ int(len(slices)/2) ].image.copy()
    28 img2[(img == 0)] = -2000
    29 
    30 
    31 plt.figure(figsize=(12, 12))
    32 plt.subplot(131)
    33 plt.imshow(slices[int(len(slices) / 2)].image, 'gray')
    34 plt.title('Original')
    35 plt.subplot(132)
    36 plt.imshow(img, 'gray')
    37 plt.title('Mask')
    38 plt.subplot(133)
    39 plt.imshow(img2, 'gray')
    40 plt.title('Result')
    41 plt.show()

    在DICOM图像里,包含了患者的相关信息的字典,我们可以通过dir查看DICOM文件有什么信息,可以通过字典返回相关的值。

     1 import dicom
     2 import json
     3 def loadFileInformation(filename):
     4     information = {}
     5     ds = dicom.read_file(filename)
     6     information['PatientID'] = ds.PatientID
     7     information['PatientName'] = ds.PatientName
     8     information['PatientBirthDate'] = ds.PatientBirthDate
     9     information['PatientSex'] = ds.PatientSex
    10     information['StudyID'] = ds.StudyID
    11     information['StudyDate'] = ds.StudyDate
    12     information['StudyTime'] = ds.StudyTime
    13     information['InstitutionName'] = ds.InstitutionName
    14     information['Manufacturer'] = ds.Manufacturer
    15     print dir(ds)
    16     print type(information)
    17     return information
    18 
    19 a=loadFileInformation('AT0001_100225002.DCM')
    20 print a
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    webdriver高级应用- 操作富文本框
    webdriver高级应用- 启动带有用户配置信息的firefox浏览器窗口
    webdriver高级应用- 操作日期控件
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/dhanchor/p/7193472.html
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