zoukankan      html  css  js  c++  java
  • 绘制pathway富集散点图

    本文转载自http://www.omicshare.com/forum/forum.php?mod=viewthread&tid=146&extra=page%3D1%26filter%3Dtypeid%26typeid%3D18

    library(ggplot2)
    pathway = read.table("F:/R练习/R测试数据/R0-vs-R3.path.richFactor.head20.tsv",header=T,sep=" ")
    pp = ggplot(pathway,aes(richFactor,Pathway))  # 画图
    pp + geom_point()
    pp + geom_point(aes(size=R0vsR3))  # 改变点的大小
    pbubble = pp + geom_point(aes(size=R0vsR3,color=-1*log10(Qvalue))) # 四维数据的展示
    pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") # 自定义渐变颜色
    pr = pbubble + scale_colour_gradient(low="green",high="red") + labs(color=expression(-log[10](Qvalue)),size="Gene number",x="Rich factor",y="Pathway name",title="Top20 of pathway enrichment")
    pr + theme_bw()  # 绘制pathway富集散点图
    ggsave("out.pdf")   # 保存为pdf格式,支持 pdf,png,svg多重格式
    ggsave("out.png")  # 保存为png格式
    ggsave("out2.png",width=4,height=4)   # 设定图片大小

     

    文件说明:

    1)Pathway  : 通路的名称        
    2)R0vsR3:差异表达基因中,属于这个通路的基因的数量
    3)All_Unigene:所有基因中属于这个通路的基因的数量  
    4)Pvalue :富集分析p值
    5)Qvalue:富集分析的Q值
    6)richFactor   :是 第二列 除以 第三列得到;
    7)Pathway ID  :通路ID  
    8)Genes:通路中基因的ID
    9)KOs  :通路中基因的KO号
    补充一点:绘图仅仅用到4类,分布是第1,2,5,6列
    再补充一点(来源25,26,28楼的讨论)
    (1)在pathway名称中如有重名,这会导致错误。在表中每个pathway只能出现一次;
    (2)文本中,出现了引号会导致错误。例如,  Alzheimer's disease, Huntington's disease这样的名称。
          这两个pathway 名称中的引号需要删除。引号的出现,会导致R无法识别两个引号间的其他符号(退格符,换行符等),导致文件读取错误。
          如果一定要保留引号,则引号的内容再用引号囊括起来,例如:
           "Alzheimer's disease","Huntington's disease",从而避免单个出现的引号对其他字符的影响 。

  • 相关阅读:
    android selector shape 使用
    android AES 加密解密
    TabLayout+ViewPager 标题不显示问题
    BottomNavigationView 使用
    greendao3.2.0使用
    android studio svn不显示问题
    scrapy爬虫学习系列五:图片的抓取和下载
    scrapy爬虫学习系列四:portia的学习入门
    scrapy爬虫学习系列二:scrapy简单爬虫样例学习
    scrapy爬虫学习系列一:scrapy爬虫环境的准备
  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/djx571/p/9217037.html
Copyright © 2011-2022 走看看