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  • hmm 软件的使用

    1)使用HMM模型搜索序列数据库(以青蟹蛋白库为例,简写为qingxie.pep),同源参考序列(query.fas)

    hmmbuild: 用多重比对序列构建HMM模型;
    hmmsearch: 使用HMM模型搜索序列库;

    步骤1:

    1、pfam下载多重比对文件的种子序列(PF02898_seed_NOS.txt)

    2、如果没有就用多条参考序列进行多重比对,然后用hmmbuild构建模型(NOS基因为例)

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmbuild PF02898_seed_NOS.hmm PF02898_seed_NOS.txt
    

    步骤2:用hmmsearch去搜索青蟹蛋白库

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmsearch PF02898_seed_NOS.hmm qingxie.pep >NOS.out
    

    2) phmmer和jackhmmer的用法
    phmmer:与Blastp类似,使用蛋白质序列(一条或者多条都行),对数据库进行搜索

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/phmmer query.fas qingxie.pep >qingxie.phmmer.out

    jackhmmer:与psiBlast类似,蛋白质序列迭代搜索蛋白质序列库

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/jackhmmer query.fas qingxie.pep >qingxie.jackhmmer.out
    

    3) nhmmer(类似于blastn,输入的query可以是fasta格式的DNA或者RNA序列,但是只能是一条。)

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/nhmmer Ssa_sdy.ref.cds(核酸参考序列) Omy_omyt1(核酸库) >nhmmer.out
    

    nhmmer如果是多条请先做多重序列比对(hmmalign),然后使用建立模型(hmmbuild),然后生成的hmm作为输入)

    nhmmer MADE1.hmm Ssa_sdy.ref.cds(核酸参考序列)  Omy_omyt1(核酸库) > nhmmer.out
    

    3)使用蛋白质序列搜索HMM数据库
    Pfam-A.hmm数据库路径:/PUBLIC/software/DENOVO/bio/database/Pfam/Pfam-A.hmm

    步骤1 :首先要对HMM数据库进行格式化(包括压缩以及创建索引),很快会完成。

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmpress Pfam-A.hmm  
    

     步骤2:用hmmscan将蛋白序列去搜索HMM数据库

    /PUBLIC/software/DENOVO/bio/software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmscan  Pfam-A.hmm query.fas >hmmcan.out
    

    接下来可以注释出结构域,并提提出结构域序列,建树。

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