IRanges package

1）介绍

在分析序列时，我们通常对特定的连续子序列感兴趣。 例如，a矢量可以被认为是按字母顺序排列的小写字母序列。 我们将第一个五个字母（a到e）称为连续的子序列，而仅包含元音的子序列不会是连续的。 分析任务仅关注区域的几何形状，而忽略基础序列值的情况并不少见。 索引列表是选择子序列的简单方法。 然而，连续子序列的稀疏表示将是一个范围，即开始位置和宽度的配对，如在用窗口提取序列时。Bioconductor中有两个中心类别可用于表示范围：IRanges类中定义的IRanges类用于表示单个空间上定义的范围，而GenomicRanges包中定义的GRanges类用于表示在多个空间上定义的范围。

2） IRanges objects

为了构造IRanges object, 需调用 IRanges 构造器. Ranges 有 三个参数：start, end and width。在实际应用中，一般指定2个参数就可以，第三个就会确定。

2.1）下面将用tstart, end and width 参数构建，组合构建IRanges object

ir1 <- IRanges(start=1:10, width=10:1)
ir2 <- IRanges(start=1:10, end=11)
ir3 <- IRanges(end=11, width=10:1)
identical(ir1, ir2) && identical(ir1, ir3) 
ir <- IRanges(c(1, 8, 14, 15, 19, 34, 40),width=c(12, 6, 6, 15, 6, 2, 7))
plot(range(ir))

  

2.2）可以用starts, ends and widths函数接入 starts, ends and widths

start(ir)
end(ir)
width(ir)

2.3）通过数字和逻辑运算，抽取IRanges object 子集

ir[1:4]
ir[start(ir) <= 15]

 2.4）Normality ：reduce函数通过合并冗余范围将任何IRanges简化为Normal IRanges。

reduce(ir)
plotRanges(reduce(ir))