我碰到过，像如果website部署了一个网站，然后想再加入个virtual direcotry部署另外一个网站。
这时候website的web.config会影响VirtualDirectory的网站。
lz可以试一试5楼的链接的文章，我贴到下面，如果成功的话，吱一声。
在我们的ASPNET虚拟目录应用中，有时会出现一些异常，比如在根目录的web.config中添加了HttpHandler以及HttpModule（如一些UrlRewiter重写组件、自己的全局HttpModule等）在虚拟目录运行时就会提示找不到找不到指定的文件的异常。
解决方法是在根目录的web.config中针对根路径通过location配置这些module和handler等， 并且在location设置允许子目录重写，以及是否被子集应用程序继承设置为false，如下把<system.web> </system.web>包含在<location></location>结点内部：
<configuration>
<location path="." allowOverride="true" inheritInChildApplications="false">
<system.web>
<httpModules>
<add name="UrlRewriteModule"
type="UrlRewritingNet.Web.UrlRewriteModule, UrlRewritingNet.UrlRewriter" />
</httpModules>
</system.web>
</location>
</configuration>
这样配置后就不会影响到我们的子集应用程序了，即虚拟目录等