容器在配置文件中是可以多次使用的，同时也可以嵌套使用，但是 Apache 在处理容器时却是有一定顺序的，因此在编写容器配置时需要按照一定的顺序来进行，否则Apache处理的结果很可能不是管理员想要的。
在Apache中容器的处理顺序如下：
(1) <Directory>与 .htaccess 文件； (2)<DirectoryMatch> 与 <Directory> (3)<Files>和<FilesMatch> (4)<Location>和<LocationMatch>
Apache会优先处理<Directory>容器（但是不会处理带有正则表达式的<Directory>容器）和 .htaccess 文件，如果 .htaccess 文件与<Directory> 容器有冲突，则以 htaccess 文件的内容来覆盖<Directory>中有冲突的部分。随后Apache 会处理<DirectoryMatch>与<Directory>，再接着处理<Files>和<FilesMatch>容器，最后处理<Location>和<LocationMatch>容器。例如：
<Location /srv/www/html> Order deny,allow Allow from all </Location> <Directory /srv/www/html> Order allow,deny Allow from all Deny from www.username.com </Directory>
在上面的例子中，由于Apache会先处理<Directory /srv/www/html>容器，最后处理 <Location /srv/www/html> 容器，所以<Location /srv/www/html>容器的内容会覆盖<Directory /srv/www/html>，因此对于禁止 www.username.com 的访问将会被允许所有用户的访问所代替。
在以上四组容器中，除了<Directory>容器外其他三组容器都会按照在配置文件中的顺序来被处理，而<Directory>容器则按字典顺序由短到长依次被处理，例如：
<Directory /srv/web/html> Options +Indexes </Directory> <Directory /srv/web/> Options -Indexes </Directory>
在上面的例子中，<Directory /srv/web/> 容器虽然排在 <Directory /srv/web/html>容器的后面，但是按照字典顺序由短到长来排列它会第一个被处理。