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  • 【层次聚类】python scipy实现

    层次聚类

    原理

    有一个讲得很清楚的博客:博客地址
    主要用于:没有groundtruth,且不知道要分几类的情况

    用scipy模块实现聚类

    参考函数说明:
    pdist
    squareform
    linkage
    fcluster

    1. scipy.spatial.distance.pdist:计算点之间的距离,返回的是一个压缩过的距离矩阵,即一行距离数据,减少了方阵中数据重复占用的空间。
    2. scipy.spatial.distance.squareform:距离矩阵的方阵与压缩矩阵相互转换函数
    3. scipy.cluster.hierarchy.linkage:层次聚类函数,返回一个四列的数据,第一和第二列是该次聚合的类序号,第三列是这两类间聚类,第四列是该类中包含多少元素数据
    4. scipy.cluster.hierarchy.fcluster:根据指定阈值和linkage生成的聚类树得到最终的聚类结果。

    例: 已有距离矩阵,进行层次聚类

    import scipy
    import scipy.cluster.hierarchy as sch
    import numpy as np
    import msgpack
    
    # 读取距离矩阵
    f = open("distance.msgpack", "r")
    dis = msgpack.loads(f.read())
    dis_arr = np.array(dis)
    
    # 压缩距离矩阵
    disMat = scipy.spatial.distance.squareform(dis_arr)
    
    # 生成聚类树
    Z=sch.linkage(disMat,method='average')
    print Z
    
    # 得到聚类结果
    cluster= sch.fcluster(Z, 0.2, 'distance')
    
    print cluster
    
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  • 原文地址:https://www.cnblogs.com/dplearning/p/8574850.html
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