情景还原：
Windows Server 2003 Standard+IIS 6.0+ .net framework2.0
后来添加了.net Framework 4.0,新建了一个基于4.0的网站后，访问新建的网站出现这个问题。
出现上述错误的原因是： .net Framework 2.0与4.0的程序使用了同一个应用程序池（默认情况下均使用DefaultAppPool池），也就是由同一个工作进程: w3wp.exe 进行管理，而单个工作进程是无法同时管理不同的程序（或者不同版本的程序）的。
解决办法：将使用不同版本framework的程序放入不同的应用程序池，ok。