Python并行编程(十三)：进程池和mpi4py模块

1、基本概念

      多进程库提供了Pool类来实现简单的多进程任务。Pool类有以下方法：

      - apply()：直到得到结果之前一直阻塞。

      - apply_async()：这是apply()方法的一个变体，返回的是一个result对象。这是一个异步的操作，在所有的子类执行之前不会锁住主进程。

      - map()：这是内置的map函数的并行版本，在得到结果之前一直阻塞，此方法将可迭代的数据的每一个元素作为进程池的一个任务来执行。

      - map_async()：这是map的一个变体，返回一个result对象。如果指定了回调函数，回调函数应该是callable的，并且只接受一个参数。当result准备好时，会自动调用回调函数，除非调用失败。回调函数应该立即完成，否则，持有result的进程将被阻塞。

2、测试用例

      创建四个进程池，然后使用map方法进行一个简单的计算。

import multiprocessing

def function_square(data):
    result = data * data
    return result

if __name__ == "__main__":
    inputs = list(range(100))
    pool = multiprocessing.Pool(processes=4)
    pool_outputs = pool.map(function_square, inputs)
    pool.close()
    pool.join()
    print("pool: ", pool_outputs)

      pool.map方法将一些独立的任务提交给进程池。pool.map和内置map的执行结果相同，但pool.map是通过多个并行进程计算的。

3、mpi4py模块

      Python提供了很多MPI模块写并行程序。其中mpi4py在MPI-1/2顶层构建，提供了面向对象的接口，紧跟C++绑定的MPI-2。MPI是C语言用户可以无需学习新的接口就可以使用这个库。

      此模块包含的主要的应用：

      - 点对点通讯

      - 集体通讯

      - 拓扑

4、安装mpi4py

      安装mpich：https://www.microsoft.com/en-us/download/confirmation.aspx?id=56727

      下载并安装msmpisetup.exe

       安装完成后安装目录如下：

       

      将bin目录添加到系统环境中：

      

      用cmd输入并显示如下即为安装成功

      

      安装mpi4py

      pip install mpi4py

      MPI测试用例

from mpi4py import MPI

def mpi_test(rank):
    print("I am rank %s" %rank)


if __name__ == "__main__":

    comm = MPI.COMM_WORLD
    rank = comm.Get_rank()
    mpi_test(rank)
    print("Hello world from process", rank)

      使用mpi运行文件

     

      在MPI中，并行程序中不同进程用一个非负整数来区别，如果我们有P个进程，那么rank会从0到P-1分配。

      MPI拿到rank的函数如下：rank = comm.Get_rank()

      这个函数返回调用它的进程的rank，comm叫做交流者，用于区别不同的进程集合：comm = MPI.COMM_WORLD

 5、MPI点对点通讯

      MPI提供的最实用的一个特性是点对点通讯。两个不同的进程之间可以通过点对点通讯交换数据：一个进程是接收者，一个进程是发送者。

      Python的mpi4py通过下面两个函数提供了点对点通讯功能：

      - Comm.Send(data, process_destination)：通过它在交流组中的排名来区分发送给不同进程的数据。

      - Comm.Recv(process_source)：接收来自源进程的数据，也是通过在交流组中的排名来分分的。

      Comm变量表示交流着，定义了可以互相通讯的进程组：

      comm  = MKPI.COMM_WORLD

      交换信息测试用例： 

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.rank
print("My rank is :",rank)

if rank == 0:
    data = 10000000
    destination_process = 4
    comm.send(data, dest=destination_process)
    print("sending data %s to process %d" %(data, destination_process))

if rank == 1:
    destination_process = 8
    data = "hello,I am rank 1"

    comm.send(data, dest=destination_process)
    print("sending data %s to process %d" %(data, destination_process))

if rank == 4:
    data = comm.recv(source=0)
    print("data received is = %s" %data)

if rank == 8:
    data1 = comm.recv(source=1)
    print("data received is = %s" %data1)

      运行结果：

      

      通过mpiexec -n 9运行9个互相通讯的进程，使用rank的值来区分每个进程。

      整个过程分为两部分，发送者发送数据，接收者接收数据，二者必须都指定发送方/接收方，source=为指定发送者。如果有发送的数据没有被接收，程序会阻塞。

      comm.send()和comm.recv()函数都是阻塞的函数，他们会一直阻塞调用者，直到数据使用完成，同时在MPI中，有两种方式发送和接收数据：

      - buffer模式

      - 同步模式

      在buffer模式中，只要需要发送的数据被拷贝到buffer中，执行权就会交回到主程序，此时数据并非已经发送/接收完成。在同步模式中，只有函数真正的结束发送/接收任务之后才会返回。

6、避免死锁

      mpi4py没有提供特定的功能来解决这种情况，但是提供了一些程序员必须遵守的规则来避免死锁的问题。

      出现死锁的情况：

      

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.rank
print("my rank is :",rank)

if rank == 1:
    data_send = "a"
    destination_process = 5
    source_process = 5
    data_received = comm.recv(source=source_process)
    comm.send(data_send, dest=destination_process)

    print("sending data %s to process %d" %(data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" %data_received)

if rank == 5:
    data_send = "b"
    destination_process = 1
    source_process = 1
    data_received = comm.recv(source=source_process)
    comm.send(data_send, dest=destination_process)
    print("sending data %s to process %d" % (data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" % data_received)

      运行结果：

      

      进程1和进程5产生阻塞，程序阻塞。

      此时两个进程都在等待对方，发生阻塞，因为recv和send都是阻塞的，两个函数都先使用的recv，所以调用者都在等待他们完成。所以讲上述代码改为如下即可解决阻塞：

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.rank
print("my rank is :",rank)

if rank == 1:
    data_send = "a"
    destination_process = 5
    source_process = 5
    comm.send(data_send, dest=destination_process)
    data_received = comm.recv(source=source_process)

    print("sending data %s to process %d" %(data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" %data_received)

if rank == 5:
    data_send = "b"
    destination_process = 1
    source_process = 1
    data_received = comm.recv(source=source_process)
    comm.send(data_send, dest=destination_process)
    print("sending data %s to process %d" % (data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" % data_received)

      将其中一个函数的recv和send顺序调换。

      运行结果：

      

      也可通过Sendrecv函数解决，代码如下：

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.rank
print("my rank is :",rank)

if rank == 1:
    data_send = "a"
    destination_process = 5
    source_process = 5
    # comm.send(data_send, dest=destination_process)
    # data_received = comm.recv(source=source_process)
    data_received = comm.sendrecv(data_send, dest=destination_process, source=source_process)

    print("sending data %s to process %d" %(data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" %data_received)

if rank == 5:
    data_send = "b"
    destination_process = 1
    source_process = 1
    # data_received = comm.recv(source=source_process)
    # comm.send(data_send, dest=destination_process)
    data_received = comm.sendrecv(data_send, dest=destination_process, source=source_process)
    print("sending data %s to process %d" % (data_send, destination_process))
    print("data received is = %s" % data_received)

      运行结果：

      

7、集体通讯：Broadcast

      在并行代码的开发中，会经常需要在多个进程间共享某个变量运行时的值，或操作多个进程提供的变量。MPI库提供了在多个进程之间交换信息的方法，将所有进程变成通讯者的这种方法叫做集体交流。因此，一个集体交流通常是2个以上的进程，也可以称为广播——一个进程将消息发送给其他进程。mpi4py模块通过以下方式提供广播的功能：

buf = comm.bcast(data_to_share, rank_of_root_process)

      这个函数将root消息中包含的信息发送给属于comm通讯组其他的进程，每个进程必须通过相同的root和comm来调用它。

      

      测试代码：

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

if rank == 0:
    variable_to_share = 100
else:
    variable_to_share = None

variable_to_share = comm.bcast(variable_to_share, root=0)
print("process = %d  variable shared = %d" %(rank, variable_to_share))

      运行结果：

      

      rank等于0的root进程初始化了一个变量，variable_to_share，值为100，然后声明了一个广播variable_to_share = comm.bcast(variable_to_share, root=0)

      这个变量将通过通讯组发送给其他进程。

      集体通讯允许组中的多个进程同时进行数据交流。在mpi4py模块中，只提供了阻塞版本的集体通讯(阻塞调用者，直到缓存中的数据全部安全发送。)

      广泛应用的集体通讯应该是：

            - 组中的进程提供通讯的屏障

            - 通讯方式包括：

                  - 将一个进程的数据广播到组中其他进程中

                  - 从其他进程收集数据发给一个进程

                  - 从一个进程散播数据到其他进程中

            - 减少操作

 8、集体通讯：Scatter

      scatter函数和广播很像，但是不同的是comm.bcast将相同的数据发送给所有在监听的进程，comm.scatter可以将数据放在数据中，发送给不同的进程。

      

      comm.scatter函数接收一个array，根据进程的rank将其中的元素发给不同的进程，第一个元素发送给进程0，第二个元素发给进程1，以此类推。

      测试用例：

from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
rank = comm.Get_rank()

# array_to_share = ["a","b","c","d","e","f","g","h","i","j"]
if rank == 0:
    array_to_share = [0,1,2,3,4,5,6,7,8,9]
else:
    array_to_share = None

recvbuf = comm.scatter(array_to_share, root=0)
print("Process = %d  recvbuf = %s" %(rank, recvbuf))

      执行结果：

      

      注意：列表中的元素个数，需要个进程保持一致。否则会出现如下错误。

      

 9、集体通讯：gather

      gather函数基本上是反向的scatter，即收集所有进程发送到root进程数据。方法如下：

recvbuf = comm.gather(sendbuf, rank_of_root_process)

      sendbuf是要发送的数据，rank_of_root_process代表要接收数据的进程。

      

      测试用例：

from mpi4py import MPI


comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
# print(size)
rank = comm.Get_rank()
data = "process %s" %rank
# print("start %s"%data)
data = comm.gather(data, root=0)
# print(data)
if rank == 0:
    print("rank = %s receiving data to other process" %rank)
    for i in range(1, size):
        #data[i] = (i+1) ** 2
        value = data[i]
        print("process %s receiving %s from process %s" %(rank, value, i))
    # print(data)

      执行结果：

      

 10、使用Alltoall通讯

      Alltoall集体通讯结合了scatter和gather的功能。在mpi4py中，有以下三类的Alltoall集体通讯。

      - comm.Alltoall(sendbuf, recvbuf);

      - comm.Alltoallv(sendbuf, recvbuf);

      - comm.Alltoallw(sendbuf, recvbuf);

      Alltoall测试用例：

from mpi4py import MPI
import numpy

comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.Get_size()
rank = comm.Get_rank()

a_size = 1

# print("numpy arange: %s" %numpy.arange(size, dtype=int))
senddata = (rank+1)*numpy.arange(size, dtype=int)
recvdata = numpy.empty(size * a_size, dtype=int)
print("senddata is %s , recvdata is %s" %(senddata, recvdata))
# print("Recvdata is %s: , 
 numpy.empty is %s" %(recvdata, numpy.empty(size * a_size, dtype=int)))

comm.Alltoall(senddata, recvdata)
print("process %s sending %s, receiving %s" %(rank, senddata, recvdata))

      运行结果：

      

      comm.alltoall方法将task j的sendbuf的第j个对象拷贝到task i中，recvbuf的第j个对象，一一对应。发送过程如图：

      

      可以将左右两个方格看做xy轴，结果一一对应，如左图的(0,0)对应的值为0，其对应的有图的值为右图的(0,0)也为0。左图的3,4对应的值为16，右图(4,3)也为16。

      P0包含的数据[0 1 2 3 4]，它将值0赋值给自己，1传给进程P1，2传给进程P2，3传给进程P3，以此类推。

      相同的P1的数据为[0 2 4 6 8] ， 它将0传给P0，2传给P1，4传给P2，以此类推。

      All-to-all定制通讯也叫全部交换，这种操作经常用于各种并发算法中，比如快速傅里叶变换，矩阵变换，样本排序以及一些数据库的 Join 操作。

 11、简化操作

      同comm.gather一样，comm.reduce接收一个数组，每一个元素是一个进程的输入，然后返回一个数组，每一个元素是进程的输出，返回给root进程。输出的元素包含了简化的结果。

      简化定义如下：comm.Reduce(sendbuf, recvbuf, rank_of_root_process, op = type_of_reduction_operation)

      这里需要注意的是，参数op和comm.gather不同，它代表你想应用在数据上的操作，mpi4py模块代表定义了一系列的简化操作，包括：

      - MPI.MAX：返回最大的元素

      - MPI.MIN：返回最小的元素

      - MPI.SUM：对所有的元素相加

      - MPI.PROD：对所有元素相乘

      - MPI.LAND：对所有元素进行逻辑操作

      - MPI.MAXLOC：返回最大值，以及拥有它的进程

      - MPI.MINLOC：返回最小值，以及拥有它的进程

      测试用例：

import numpy as np
from mpi4py import MPI

comm = MPI.COMM_WORLD
size = comm.size
rank = comm.rank
array_size = 3
recvdata = np.zeros(array_size, dtype=np.int)
senddata = (rank+1)*np.arange(size, dtype=np.int)
print("+++++++++++++%s+++++++++++++%s++++++++++++" %(recvdata, senddata))
print("Process %s sending %s" %(rank, senddata))
comm.Reduce(senddata, recvdata, root=0, op=MPI.SUM)
print("on task %s, after Reduce: data = %s" %(rank, recvdata))

      执行结果：

      

      MPI.SUM为求和操作，过程如下：

      

      简化操作将每个task的第i个元素相加，然后放回到P0进程(root进程)的第i个元素中。