单细胞测序 常见问题解答

Q1、10X单细胞测序可以研究什么RNA？

10X单细胞测序利用polyT标记polyA，因此含有polyA的mRNA可以通过10X单细胞测序方法进行研究，包括真核生物的mRNA，部分lncRNA，以及有polyA的部分病毒的RNA。不含有polyA的RNA，如miRNA，circRNA、原核生物的mRNA以及核糖体RNA，则不能用现有的方法进行分析。除mRNA以外的研究，可参考以下文章：

LncRNA的单细胞水平研究：

[1] Shaath H ,  Vishnubalaji R ,  Elango R , et al. Single-cell long noncoding RNA (lncRNA) transcriptome implicates MALAT1 in triple-negative breast cancer (TNBC) resistance to neoadjuvant chemotherapy[J]. Cell Death Discovery, 2021, 7(1):23.

病毒的单细胞水平研究：

Q2、都是单细胞测序，10X单细胞测序和smart-seq有什么区别？

smart-seq是一个细胞建一个文库，因此价格是按照细胞数目进行计算的，这决定了当细胞通量达到较大数值时，项目预算会非常巨大。10X是一个样本一个文库，单个样本的细胞数目是几千到一万，因此价格核算到细胞水平，每个细胞的价格在几元。因此10X单细胞测序更有利于高通量的单细胞转录组研究。Smart-seq是一个全长转录组的测序，10X单细胞只针对3’端或5’端的150bp的测序，因此，如果想要关注全转录本的序列，smart-seq是更好的选择。10X仅适用于直径在40um以下的细胞，因此，若想要研究直径较大的细胞，可选择smat-seq或者10X的单细胞核测序。

Q3、10X单细胞测序和smart-seq可以放在一起分析吗？

可以的。

不过数据需要标准化。通常需要比较大量的smart-seq数据才可以。

联合分析可参考以下文章：

Q7、拿到数据不知道怎么用怎么办？

这是发表文章的关键所在，也是研究者需要不断思考的问题。小编根据不同文献整理了几个可供分析的出发点，谨供参考。

1. 从case组是否存在特殊类群细胞出发；

2. 从case组和control组的特定细胞类群的数目出发；

3. 从case和control组的差异表达基因出发。

 特殊细胞类型：

检测到肿瘤病人组织特有的细胞类群TSK，分析这群细胞在组织上的分布，确定这些细胞在肿瘤扩展中的意义。

细胞数目：

 发现在case组中的两个细胞类群（小胶质细胞和星形胶质细胞）的细胞数目存在差异；进而关注到这两类细胞，将这两类细胞进行重新分群，发现case组的subcluster0和1的细胞数目存在差异；进而关注到这两个亚群的细胞，分析这两个亚群的marker基因。

差异表达基因：

分析case和control的差异表达基因，此处设置了青年组，中年组和老年组三组的两两比较。首先比较了不同细胞类型在组间的差异基因，并挑选了随着年龄增长表达上调和下调的基因，做拟时序分析，针对某一个geneset，分析geneset在组间的差异。分析组间差异的转录因子和下游基因，以及组间差异基因的GO分析。

https://www.dxy.cn/bbs/newweb/pc/post/44683817?from=oldRedirect